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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？
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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？ 已有1人参与

我想计算大分子与小分子间的非共价键力大小，例如氢键能大小、范德华力、静电力大小等~~~
不胜感激~~~~~
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1楼 2014-03-13 15:21:42
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
三木713: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-03-17 08:42:57
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-17 18:45:44
三木713: 金币+2, ★有帮助 2014-03-18 12:56:29
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond
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2楼2014-03-16 17:46:21
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

我就是不知道怎么加，，用make_ndx 设置了组，然后在mdp文件里怎么改啊？~~~~~~大神，，你做过么？
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3楼2014-03-17 08:42:42
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

还有，不是说要跑完模拟之后，再rerun 才行么？
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4楼2014-03-17 09:10:51
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870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:08:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 08:42:42
我就是不知道怎么加，，用make_ndx 设置了组，然后在mdp文件里怎么改啊？~~~~~~大神，，你做过么？...

做过啊，在mdp文件里加一行就行energygrps=。。。。
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5楼2014-03-18 09:14:10
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870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-18 16:53:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 09:10:51
还有，不是说要跑完模拟之后，再rerun 才行么？...

恩，之前我做的都是rerun的
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6楼2014-03-18 09:14:42
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-18 09:14:42
恩，之前我做的都是rerun的...

大神 你看看我这样对么~~
1，跑完模拟后，最后生成的pdb文件 make-ndx,定义一个组：A_B（复合物）
2，在md.mdp文件里加上energygrps=A_B
3，重新grompp -f md.mdp -c Ia2.pdb -p Ic.top -n **.ndx  -o Ia2.tpr
mdrun_mpi -v  -rerun traj.tr -s Ia2.tprr -c Ia4.pdb -e Ia4.edr -g Ia3.log

这样对么？
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7楼2014-03-18 12:55:56
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

请问计算氢键能大小，用g_hbond里面的哪个指令啊？十分感谢！！
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8楼2014-03-22 10:31:27
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870277182

铁虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:08:51
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-19 14:36:25
内容已删除
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9楼2014-03-24 09:47:18
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870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:08:57
引用回帖:
8楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-22 10:31:27
请问计算氢键能大小，用g_hbond里面的哪个指令啊？十分感谢！！...

g_hbond是统计的氢键个数，不能计算能量，gmx好像不能单独计算氢键的能量，需要你自己单独去计算
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10楼2014-03-24 09:48:24
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