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moye1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助:gromacs怎样进行REMD的计算?已有2人参与

求助各位有经验的前辈,用gromacs怎样进行REMD的计算,有操作过的大侠吗?求指导,tutorial上只有原理,没有实际操作方法,不会实际操作啊~
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-05-30 20:16:35
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... lysozyme/index.html
这个网址可以做,在最后结果分析那呢,具体也有一些中文教程,百度文库好像就有,水中的溶菌酶  吧  大约搜
莫问前程有归,但求今生无悔
2楼2014-05-29 17:30:50
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moye1991

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jianchen7882 at 2014-05-29 17:30:50
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/index.html
这个网址可以做,在最后结果分析那呢,具体也有一些中文教程,百度文库好像就有,水中的溶菌酶  吧  大约搜...

好,谢谢~我看了一下,这个指导是做MD的吧?我想问的是做REMD的方法,好像比这个更麻烦~
3楼2014-06-01 10:41:55
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
moye1991: 金币+15, ★★★很有帮助, 好的,非常感谢~ 2014-06-05 10:57:21
温度副本交换模拟啊,这个估计一句话两句话教不会你啊,你可以去gromacs的官网http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials上看,那里有一个比较详细的介绍,然后你在自己学习一下温度副本的设置,跑模拟的过程都是一样的,最后就是在分析的时候有差别,需要对轨迹文件,能量文件自己处理,那个就是后期的工作了,你先把前期工作学会了,后边的分析可以到时候在学
4楼2014-06-04 12:43:14
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小小刘亚男

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2014-06-04 12:43:14
温度副本交换模拟啊,这个估计一句话两句话教不会你啊,你可以去gromacs的官网http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials上看,那里有一个比较详细的介绍,然后你在自己学习一下温度副本的设置,跑模拟的过程 ...

你好,请问REMD可以在CHARMM力场下用NAMD平台上跑吗?
一切靠自己,让家人过得更好。
5楼2015-01-05 15:01:34
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