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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » gromacs中MM-GBSA计算
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yuhua6613

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs中MM-GBSA计算 已有1人参与

大家好。我现在装的是gromacs4.5.4，这个版本的gromacs已经可以做GBSA了。所以我现在想用MM-GBSA的方法计算protein-ligand之间的结合自由能。
MM-GBSA方法计算结合自由能的公式如下
deltaG=EMM-TdeltaSMM+deltaGsolv
其中EMM就是protein与ligand之间的静电能和范德华能之和，我用PME方法处理长程静电力。轨迹跑完后定义energygrps=protein ligand，用rerun重新跑轨迹得到protein和ligand之间的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR这三项，还有系统的coul-recip项。我觉得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系统总的长程静电能，而得不到protein和ligand之间的长程静电能COUL-LR。
请问大家这个问题应该怎么解决呢？

我用显示溶剂跑的轨迹，之后应该可以用rerun来跑GBSA得到Gsolv吧？我试过可以得到但是不知道这种方法得到的结果是否正确。
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1楼 2012-11-13 11:52:07
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yuhua6613

银虫 (小有名气)
自顶，求高手指教！
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2楼2012-11-13 14:56:55
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
真的可以算吗？
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3楼2012-11-13 15:45:50
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yuhua6613

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by piaoluodeyu at 2012-11-13 15:45:50
真的可以算吗？

什么可以算啊？GBSA吗？
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4楼2012-11-13 20:28:31
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuhua6613 at 2012-11-13 20:28:31
什么可以算啊？GBSA吗？...

请问下有教程什么的吗？  我一直以为不可以算哎
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5楼2012-11-14 08:38:10
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yuhua6613

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by piaoluodeyu at 2012-11-14 08:38:10
请问下有教程什么的吗？  我一直以为不可以算哎...

GBSA的用法mannual上有。MM-GBSA的方法在gromacs上没有像amber中那样单独的模块。
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6楼2012-11-14 14:11:00
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuhua6613 at 2012-11-14 14:11:00
GBSA的用法mannual上有。MM-GBSA的方法在gromacs上没有像amber中那样单独的模块。...

谢谢！
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7楼2012-11-14 20:26:02
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JurryPeng

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

楼主 ，我现在也需要做protein-ligand的binding free energy，刚刚看了您的帖子，也就是说MM-GBSA的方法不能通过一个或者几个命令来直接得到，必须是通过命令得到的多个能量值得加和，是吗？我是新手，所以不知道理解的对不对
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8楼2014-12-06 16:56:00
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