应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » gromacs中MM-GBSA计算
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 3042  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yuhua6613

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs中MM-GBSA计算 已有1人参与

大家好。我现在装的是gromacs4.5.4，这个版本的gromacs已经可以做GBSA了。所以我现在想用MM-GBSA的方法计算protein-ligand之间的结合自由能。
MM-GBSA方法计算结合自由能的公式如下
deltaG=EMM-TdeltaSMM+deltaGsolv
其中EMM就是protein与ligand之间的静电能和范德华能之和，我用PME方法处理长程静电力。轨迹跑完后定义energygrps=protein ligand，用rerun重新跑轨迹得到protein和ligand之间的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR这三项，还有系统的coul-recip项。我觉得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系统总的长程静电能，而得不到protein和ligand之间的长程静电能COUL-LR。
请问大家这个问题应该怎么解决呢？

我用显示溶剂跑的轨迹，之后应该可以用rerun来跑GBSA得到Gsolv吧？我试过可以得到但是不知道这种方法得到的结果是否正确。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-11-13 11:52:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuhua6613

银虫 (小有名气)
自顶，求高手指教！
回复此楼
2楼2012-11-13 14:56:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
真的可以算吗？
回复此楼
3楼2012-11-13 15:45:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuhua6613

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by piaoluodeyu at 2012-11-13 15:45:50
真的可以算吗？

什么可以算啊？GBSA吗？
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-13 20:28:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuhua6613 at 2012-11-13 20:28:31
什么可以算啊？GBSA吗？...

请问下有教程什么的吗？  我一直以为不可以算哎
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-14 08:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuhua6613

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by piaoluodeyu at 2012-11-14 08:38:10
请问下有教程什么的吗？  我一直以为不可以算哎...

GBSA的用法mannual上有。MM-GBSA的方法在gromacs上没有像amber中那样单独的模块。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2012-11-14 14:11:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuhua6613 at 2012-11-14 14:11:00
GBSA的用法mannual上有。MM-GBSA的方法在gromacs上没有像amber中那样单独的模块。...

谢谢！
回复此楼
7楼2012-11-14 20:26:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JurryPeng

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

楼主 ，我现在也需要做protein-ligand的binding free energy，刚刚看了您的帖子，也就是说MM-GBSA的方法不能通过一个或者几个命令来直接得到，必须是通过命令得到的多个能量值得加和，是吗？我是新手，所以不知道理解的对不对
赞一下 回复此楼
8楼2014-12-06 16:56:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuhua6613 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +8 一样YWY 2026-04-05 9/450 2026-04-06 07:24 by hmn_wj
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +10 大火山小火山 2026-04-05 10/500 2026-04-05 19:58 by 小蜗牛小蜗牛
[考研] 0860 求调剂 一志愿国科大 348 分 +3 WiiiP 2026-04-03 3/150 2026-04-05 17:43 by Ecowxq666！
[考研] 323求调剂（计算机视觉和大模型项目经历） +3 chaoxiicy 2026-03-31 3/150 2026-04-05 10:33 by zhq0425
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +6 ioodiiij 2026-04-04 6/300 2026-04-05 10:09 by guoweigw
[考研] 一志愿江南大学085501机械工程专硕326分，本科佳木斯大学 +5 顾若浮生 2026-04-03 9/450 2026-04-05 09:57 by 1753564080
[考研] 285求调剂 +11 哦呦呼o 2026-04-04 11/550 2026-04-05 08:15 by 544594351
[考研] 298求调剂 +5 zzz，，r 2026-04-02 8/400 2026-04-04 19:55 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 +4 是可乐不是可乐 2026-04-04 4/200 2026-04-04 19:41 by 唐沐儿
[考研] 26调剂 086003 +6 失活的细胞 2026-04-04 6/300 2026-04-04 09:50 by zhangdingwa
[考研] 0856调剂 +8 曲听筠 2026-03-30 8/400 2026-04-04 08:46 by tianyyysss
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-03 12:05 by 1753564080
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 279求调剂 +5 傅文秋 2026-04-02 5/250 2026-04-02 18:10 by 笔落锦州
[考研] 285求调剂 +11 AZMK 2026-04-01 11/550 2026-04-01 22:40 by peike
[考研] 江苏科技大学招材料研究生 +4 Su032713. 2026-04-01 5/250 2026-04-01 22:03 by cccchenso
[考研] 311求调剂 +10 李芷新1 2026-03-31 10/500 2026-04-01 14:38 by chenqifeng666
[考研] 一志愿西电085401数一英一299求调剂 六级521 +4 爱吃大鸭梨 2026-03-31 4/200 2026-03-31 11:51 by 搏击518
[考研] 一志愿大连理工大学材料求调剂 +6 Gymno 2026-03-30 6/300 2026-03-31 07:26 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭