| 查看: 2877 | 回复: 7 | ||
[求助]
gromacs中MM-GBSA计算 已有1人参与
|
|
大家好。我现在装的是gromacs4.5.4，这个版本的gromacs已经可以做GBSA了。所以我现在想用MM-GBSA的方法计算protein-ligand之间的结合自由能。 MM-GBSA方法计算结合自由能的公式如下 deltaG=EMM-TdeltaSMM+deltaGsolv 其中EMM就是protein与ligand之间的静电能和范德华能之和，我用PME方法处理长程静电力。轨迹跑完后定义energygrps=protein ligand，用rerun重新跑轨迹得到protein和ligand之间的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR这三项，还有系统的coul-recip项。我觉得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系统总的长程静电能，而得不到protein和ligand之间的长程静电能COUL-LR。 请问大家这个问题应该怎么解决呢？ 我用显示溶剂跑的轨迹，之后应该可以用rerun来跑GBSA得到Gsolv吧？我试过可以得到但是不知道这种方法得到的结果是否正确。 |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有21人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 呼叫gromacs大神
已经有9人回复
- 请教GMX中做QM/MM
已经有1人回复
2楼2012-11-13 14:56:55
piaoluodeyu
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1242.6
- 红花: 2
- 帖子: 288
- 在线: 213.1小时
- 虫号: 1051343
- 注册: 2010-07-03
- 专业: 合成药物化学
3楼2012-11-13 15:45:50
4楼2012-11-13 20:28:31
piaoluodeyu
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1242.6
- 红花: 2
- 帖子: 288
- 在线: 213.1小时
- 虫号: 1051343
- 注册: 2010-07-03
- 专业: 合成药物化学
5楼2012-11-14 08:38:10
6楼2012-11-14 14:11:00
piaoluodeyu
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1242.6
- 红花: 2
- 帖子: 288
- 在线: 213.1小时
- 虫号: 1051343
- 注册: 2010-07-03
- 专业: 合成药物化学
7楼2012-11-14 20:26:02
8楼2014-12-06 16:56:00