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yuhua6613专家顾问
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gromacs中MM-GBSA计算 已有1人参与
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大家好。我现在装的是gromacs4.5.4，这个版本的gromacs已经可以做GBSA了。所以我现在想用MM-GBSA的方法计算protein-ligand之间的结合自由能。 MM-GBSA方法计算结合自由能的公式如下 deltaG=EMM-TdeltaSMM+deltaGsolv 其中EMM就是protein与ligand之间的静电能和范德华能之和，我用PME方法处理长程静电力。轨迹跑完后定义energygrps=protein ligand，用rerun重新跑轨迹得到protein和ligand之间的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR这三项，还有系统的coul-recip项。我觉得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系统总的长程静电能，而得不到protein和ligand之间的长程静电能COUL-LR。 请问大家这个问题应该怎么解决呢？ 我用显示溶剂跑的轨迹，之后应该可以用rerun来跑GBSA得到Gsolv吧？我试过可以得到但是不知道这种方法得到的结果是否正确。 |
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