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Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir

[求助] 呼叫gromacs大神

Sample Text想问问使用make_ndx命令分组的问题,我不需要定义哪些具体的原子为一个组,而是想把体系中距某个中心原子一定半径以内的所有原子定义成一个组,之外的定义成另一个组(随着系统的动力学演化,半径之内的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑进来,所以无法按照具体的原子序号来定义组),请问各位这样定义组的方式在gromacs里面能实现吗?
另外本人想做qm/mm计算,目前已经成功地将mopac编译进gromacs中,但是我看手册上的说明,似乎基组只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如说过渡金属常用的lanl2dz以及其赝势能否使用呢?
望各位不吝赐教,谢谢.

[ Last edited by Gwax07 on 2012-12-25 at 18:35 ]
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1楼 2012-12-25 18:01:49
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-26 08:54:18
Gwax07: 金币+5, ★有帮助 2012-12-26 09:15:49
第一个，我觉得单凭make_ndx无解，你需要自己写程序实现。
第二个，mopac是半经验程序，没有你说的那些基组
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2楼2012-12-26 01:17:31
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zhoufeng1982

木虫 (著名写手)
知道了啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊
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3楼2012-12-26 08:33:53
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Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir
引用回帖:
2楼: Originally posted by chembetsey at 2012-12-26 01:17:31
第一个，我觉得单凭make_ndx无解，你需要自己写程序实现。
第二个，mopac是半经验程序，没有你说的那些基组

谢谢,我也觉得似乎make_ndx不太可能实现,但是想确认一下;另外我对mopac这个程序不熟悉,不过您确定没有基组?gromacs明确表示支持mopac,GAMESS-UK以及gaussian的接口,只要用这3种之一编译进gromacs,就能实现qm/mm,并且使用gaussian基组,mopac里面应该也包含abinito的算法吧,即使只有半经验的方法例如AM1,PM3这些,也只是哈密顿算符的写法是半经验的,其实还是用量子力学的方式运作的吧?基组应该会有吧,只是我不太清楚能否支持到lanl2dz或lanl2mb这类全电子双zeta型的基组。
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4楼2012-12-26 09:14:04
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-27 09:35:05
半经验方法AM1，PM3这些根本就不需要基组，都是含经验参数的哈密顿算符，根本不存在支持lanl2dz或lanl2mb的问题，除非你用GAMESS或Gaussian。
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5楼2012-12-26 09:50:27
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Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir
引用回帖:
5楼: Originally posted by chembetsey at 2012-12-26 09:50:27
半经验方法AM1，PM3这些根本就不需要基组，都是含经验参数的哈密顿算符，根本不存在支持lanl2dz或lanl2mb的问题，除非你用GAMESS或Gaussian。

谢谢,不过我确定AM1和PM3都是需要基组的,只要体系电子用波函数表示,在具体计算的时候都需要用完备系去展开,然后才能将波函数变成一组系数,不用gaussian型函数展就得用平面波或者其它来展,刚才我用gaussian测试了一下,用AM1算一个简单的体系,可以指定基组,如果不指定,就直接用sto-3g这个基组.
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6楼2012-12-26 10:58:10
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你根本就没理解半经验是怎么做的。你以为能做，那你就去做吧。
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7楼2012-12-26 11:58:05
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Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir
引用回帖:
7楼: Originally posted by chembetsey at 2012-12-26 11:58:05
你根本就没理解半经验是怎么做的。你以为能做，那你就去做吧。

哦,那请问下在AM1中,体系的电子如何描述呢?还是直接像mm那样,根本就没有电子,原子之间直接用经典的势模型来弄?
对于半经验方法,就在学习qm/mm的相关文献中看了一些,确实不太懂.
真心请教,望回复.
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8楼2012-12-26 12:45:45
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Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir
引用回帖:
7楼: Originally posted by chembetsey at 2012-12-26 11:58:05
你根本就没理解半经验是怎么做的。你以为能做，那你就去做吧。

那在AM1里面,如果不要基组,电子结构怎么描述的呢?是把空间分成很多个grid,每个grid给个值,这样来描述波函数的吗?
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9楼2012-12-26 13:20:18
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-27 09:35:25
半经验方法是对从头算的简化，都只考虑价层电子和π电子，只使用最小基组：对每个原子只考虑一个s轨道，三个p轨道（px、py、pz），有时也考虑d轨道。
当处理静电排斥能和电子交换能时，它们都利用了近似的方法计算积分；在求解自洽场方程时它们都忽略了重叠积分。
所有积分的计算都是基于经验参数的简单公式。
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10楼2012-12-26 23:38:41
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