| 查看: 1274 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
Gwax07金虫 (小有名气)
Sir
|
[求助]
呼叫gromacs大神
|
||
|
Sample Text想问问使用make_ndx命令分组的问题,我不需要定义哪些具体的原子为一个组,而是想把体系中距某个中心原子一定半径以内的所有原子定义成一个组,之外的定义成另一个组(随着系统的动力学演化,半径之内的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑进来,所以无法按照具体的原子序号来定义组),请问各位这样定义组的方式在gromacs里面能实现吗? 另外本人想做qm/mm计算,目前已经成功地将mopac编译进gromacs中,但是我看手册上的说明,似乎基组只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如说过渡金属常用的lanl2dz以及其赝势能否使用呢? 望各位不吝赐教,谢谢. [ Last edited by Gwax07 on 2012-12-25 at 18:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gromacs |
» 猜你喜欢
急需调剂
已经有9人回复
-
申博/考博
已经有4人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有37人回复
-
求调剂
已经有11人回复
-
260求调剂
已经有4人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有19人回复
-
304求调剂
已经有7人回复
-
求博导｜生物质基多孔碳/超级电容方向，已有相关成果，寻能源材料/碳材料方向老师
已经有3人回复
-
二苯甲酮酸类衍生物
已经有6人回复
-
接受任何调剂
已经有4人回复
zhoufeng1982
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2431.1
- 散金: 1
- 红花: 3
- 帖子: 2691
- 在线: 82.6小时
- 虫号: 1193591
- 注册: 2011-01-21
- 专业: 物理化学
3楼2012-12-26 08:33:53
chembetsey
木虫 (小有名气)
- 应助: 125 (高中生)
- 金币: 3820.1
- 散金: 5
- 红花: 9
- 帖子: 262
- 在线: 281.8小时
- 虫号: 1781694
- 注册: 2012-04-27
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-12-26 01:17:31
Gwax07
金虫 (小有名气)
Sir
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 787.7
- 帖子: 161
- 在线: 139.2小时
- 虫号: 439135
- 注册: 2007-10-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2012-12-26 09:14:04
chembetsey
木虫 (小有名气)
- 应助: 125 (高中生)
- 金币: 3820.1
- 散金: 5
- 红花: 9
- 帖子: 262
- 在线: 281.8小时
- 虫号: 1781694
- 注册: 2012-04-27
- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-12-26 09:50:27
