应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 呼叫gromacs大神
51/1返回列表
查看: 1232  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir

[求助] 呼叫gromacs大神

Sample Text想问问使用make_ndx命令分组的问题,我不需要定义哪些具体的原子为一个组,而是想把体系中距某个中心原子一定半径以内的所有原子定义成一个组,之外的定义成另一个组(随着系统的动力学演化,半径之内的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑进来,所以无法按照具体的原子序号来定义组),请问各位这样定义组的方式在gromacs里面能实现吗?
另外本人想做qm/mm计算,目前已经成功地将mopac编译进gromacs中,但是我看手册上的说明,似乎基组只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如说过渡金属常用的lanl2dz以及其赝势能否使用呢?
望各位不吝赐教,谢谢.

[ Last edited by Gwax07 on 2012-12-25 at 18:35 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢
1楼 2012-12-25 18:01:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir
引用回帖:
5楼: Originally posted by chembetsey at 2012-12-26 09:50:27
半经验方法AM1，PM3这些根本就不需要基组，都是含经验参数的哈密顿算符，根本不存在支持lanl2dz或lanl2mb的问题，除非你用GAMESS或Gaussian。

谢谢,不过我确定AM1和PM3都是需要基组的,只要体系电子用波函数表示,在具体计算的时候都需要用完备系去展开,然后才能将波函数变成一组系数,不用gaussian型函数展就得用平面波或者其它来展,刚才我用gaussian测试了一下,用AM1算一个简单的体系,可以指定基组,如果不指定,就直接用sto-3g这个基组.
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-26 10:58:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-26 08:54:18
Gwax07: 金币+5, ★有帮助 2012-12-26 09:15:49
第一个，我觉得单凭make_ndx无解，你需要自己写程序实现。
第二个，mopac是半经验程序，没有你说的那些基组
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-26 01:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhoufeng1982

木虫 (著名写手)
知道了啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-26 08:33:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Gwax07

金虫 (小有名气)

Sir
引用回帖:
2楼: Originally posted by chembetsey at 2012-12-26 01:17:31
第一个，我觉得单凭make_ndx无解，你需要自己写程序实现。
第二个，mopac是半经验程序，没有你说的那些基组

谢谢,我也觉得似乎make_ndx不太可能实现,但是想确认一下;另外我对mopac这个程序不熟悉,不过您确定没有基组?gromacs明确表示支持mopac,GAMESS-UK以及gaussian的接口,只要用这3种之一编译进gromacs,就能实现qm/mm,并且使用gaussian基组,mopac里面应该也包含abinito的算法吧,即使只有半经验的方法例如AM1,PM3这些,也只是哈密顿算符的写法是半经验的,其实还是用量子力学的方式运作的吧?基组应该会有吧,只是我不太清楚能否支持到lanl2dz或lanl2mb这类全电子双zeta型的基组。
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-26 09:14:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +5 步川酷紫123 2026-03-11 5/250 2026-03-15 00:45 by kruisytel
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 3/150 2026-03-14 12:11 by 热情沙漠
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 0703化学求调剂 +5 很老实人 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:57 by JourneyLucky
[考研] 328，0703考生求调剂，一志愿为东北师范大学 +4 观素律 2026-03-09 5/250 2026-03-14 01:24 by JourneyLucky
[考研] 考研材料与化工，求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-09 8/400 2026-03-14 01:14 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +7 超级伊昂大王 2026-03-10 7/350 2026-03-14 00:49 by JourneyLucky
[考研] 求调剂（材料与化工327） +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 302求调剂 +6 负心者当诛 2026-03-11 6/300 2026-03-13 16:11 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
[考研] 083000环境科学与工程调剂 +8 mingmingry 2026-03-09 9/450 2026-03-11 10:23 by 沙漠之狐994
[考研] 294 英二数二物化 求调剂 +6 米饭团不好吃 2026-03-09 6/300 2026-03-09 23:55 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭