| 查看: 1211 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
Gwax07金虫 (小有名气)
Sir
|
[求助]
呼叫gromacs大神
|
||
|
Sample Text想问问使用make_ndx命令分组的问题,我不需要定义哪些具体的原子为一个组,而是想把体系中距某个中心原子一定半径以内的所有原子定义成一个组,之外的定义成另一个组(随着系统的动力学演化,半径之内的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑进来,所以无法按照具体的原子序号来定义组),请问各位这样定义组的方式在gromacs里面能实现吗? 另外本人想做qm/mm计算,目前已经成功地将mopac编译进gromacs中,但是我看手册上的说明,似乎基组只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如说过渡金属常用的lanl2dz以及其赝势能否使用呢? 望各位不吝赐教,谢谢. [ Last edited by Gwax07 on 2012-12-25 at 18:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gromacs |
» 猜你喜欢
所感
已经有3人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
不自信的我
已经有11人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有3人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有26人回复
-
2026年机械制造与材料应用国际会议 （ICMMMA 2026）
已经有4人回复
Gwax07
金虫 (小有名气)
Sir
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 787.7
- 帖子: 161
- 在线: 139.2小时
- 虫号: 439135
- 注册: 2007-10-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2012-12-26 13:20:18
chembetsey
木虫 (小有名气)
- 应助: 125 (高中生)
- 金币: 3820.1
- 散金: 5
- 红花: 9
- 帖子: 262
- 在线: 281.8小时
- 虫号: 1781694
- 注册: 2012-04-27
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-12-26 01:17:31
zhoufeng1982
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2431.1
- 散金: 1
- 红花: 3
- 帖子: 2691
- 在线: 82.6小时
- 虫号: 1193591
- 注册: 2011-01-21
- 专业: 物理化学
3楼2012-12-26 08:33:53
Gwax07
金虫 (小有名气)
Sir
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 787.7
- 帖子: 161
- 在线: 139.2小时
- 虫号: 439135
- 注册: 2007-10-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2012-12-26 09:14:04