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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yuhua6613

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs中MM-GBSA计算 已有1人参与

大家好。我现在装的是gromacs4.5.4,这个版本的gromacs已经可以做GBSA了。所以我现在想用MM-GBSA的方法计算protein-ligand之间的结合自由能。
MM-GBSA方法计算结合自由能的公式如下
deltaG=EMM-TdeltaSMM+deltaGsolv
其中EMM就是protein与ligand之间的静电能和范德华能之和,我用PME方法处理长程静电力。轨迹跑完后定义energygrps=protein ligand,用rerun重新跑轨迹得到protein和ligand之间的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR这三项,还有系统的coul-recip项。我觉得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系统总的长程静电能,而得不到protein和ligand之间的长程静电能COUL-LR。
请问大家这个问题应该怎么解决呢?

我用显示溶剂跑的轨迹,之后应该可以用rerun来跑GBSA得到Gsolv吧?我试过可以得到但是不知道这种方法得到的结果是否正确。
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JurryPeng

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

楼主 ,我现在也需要做protein-ligand的binding free energy,刚刚看了您的帖子,也就是说MM-GBSA的方法不能通过一个或者几个命令来直接得到,必须是通过命令得到的多个能量值得加和,是吗?我是新手,所以不知道理解的对不对
8楼2014-12-06 16:56:00
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yuhua6613

银虫 (小有名气)

自顶,求高手指教!
2楼2012-11-13 14:56:55
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yuhua6613

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by piaoluodeyu at 2012-11-13 15:45:50
真的可以算吗?

什么可以算啊?GBSA吗?
4楼2012-11-13 20:28:31
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yuhua6613 at 2012-11-13 20:28:31
什么可以算啊?GBSA吗?...

请问下有教程什么的吗?  我一直以为不可以算哎
5楼2012-11-14 08:38:10
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