应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助：gromacs怎样进行REMD的计算？
51/1返回列表
查看: 2692  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

moye1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：gromacs怎样进行REMD的计算？ 已有2人参与

求助各位有经验的前辈，用gromacs怎样进行REMD的计算，有操作过的大侠吗？求指导，tutorial上只有原理，没有实际操作方法，不会实际操作啊~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-05-29 13:56:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

moye1991

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jianchen7882 at 2014-05-29 17:30:50
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/index.html
这个网址可以做，在最后结果分析那呢，具体也有一些中文教程，百度文库好像就有，水中的溶菌酶  吧  大约搜...

好，谢谢~我看了一下，这个指导是做MD的吧？我想问的是做REMD的方法，好像比这个更麻烦~
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-01 10:41:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:16:35
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... lysozyme/index.html
这个网址可以做，在最后结果分析那呢，具体也有一些中文教程，百度文库好像就有，水中的溶菌酶  吧  大约搜
赞一下 回复此楼
莫问前程有归，但求今生无悔
2楼2014-05-29 17:30:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
moye1991: 金币+15, ★★★很有帮助, 好的，非常感谢~ 2014-06-05 10:57:21
温度副本交换模拟啊，这个估计一句话两句话教不会你啊，你可以去gromacs的官网http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials上看，那里有一个比较详细的介绍，然后你在自己学习一下温度副本的设置，跑模拟的过程都是一样的，最后就是在分析的时候有差别，需要对轨迹文件，能量文件自己处理，那个就是后期的工作了，你先把前期工作学会了，后边的分析可以到时候在学
赞一下 回复此楼
4楼2014-06-04 12:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小刘亚男

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2014-06-04 12:43:14
温度副本交换模拟啊，这个估计一句话两句话教不会你啊，你可以去gromacs的官网http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials上看，那里有一个比较详细的介绍，然后你在自己学习一下温度副本的设置，跑模拟的过程 ...

你好，请问REMD可以在CHARMM力场下用NAMD平台上跑吗？
赞一下 回复此楼
一切靠自己，让家人过得更好。
5楼2015-01-05 15:01:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭