| 查看: 3140 | 回复: 7 | |||
ustbmars铜虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】如何计算平均滞留时间(residence time) 已有3人参与
|
分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!  |
回复此楼» 猜你喜欢
听说今天filecode变了
已经有30人回复
-
filecode
已经有14人回复
-
固定端突然变了，今天
已经有7人回复
-
filecode
已经有11人回复
-
大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑
已经有6人回复
-
基金中了
已经有4人回复
-
一个有机合成实验室都需要哪些设备？
已经有12人回复
-
求各位大神看下
已经有33人回复
-
咨询面上基金
已经有7人回复
-
影响面上的因素
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】lammps关于fix ave/spatial命令应用问题
已经有4人回复
- 【求助】如何处理试验数据
已经有0人回复
- 【求助】如何获得钢中第二相的平均尺寸和体积分数啊？
已经有2人回复
- 【求助】如何求栅格平均值后自动保存到TXT/EXCEL中
已经有2人回复
- 【求助】符合一定概率分布随机数的生成【概率论】【计算机仿真】
已经有0人回复
- 【求助】如何写FORTRAN程序实现求平均最近邻距离
已经有34人回复
- 【求助】高分辨透射电镜中d值的如何计算，计算出来可以有什么用？
已经有2人回复
- 【求助】年均径流量和多年平均径流量如何计算
已经有7人回复
- 【求助】如何计算气隙的场强平均值
已经有0人回复
- 【求助】Matlab计算Homogeneous Q-value
已经有0人回复
- 【求助】如何理解动力学中平均
已经有0人回复
- 【求助】deform中如何计算形状不太规则的板材的平均厚度
已经有1人回复
- 【求助】计算自旋平均值
已经有2人回复
- 【求助】如何确定价带顶对平均静电势的值
已经有15人回复
- 【求助】如何根据应力应变曲线得到屈服强度
已经有3人回复
- 【求助】急求：由NLDFT计算平均孔径
已经有3人回复
- 【求助】如何解决自旋极化计算时的难以收敛问题？
已经有16人回复
- 【求助】【求助】关于平均值±标准差问题
已经有13人回复
- 【求助】Molpro如何执行旋轨耦合计算 如何执行态平均计算?
已经有10人回复
- 【求助】激光单脉冲能量的计算
已经有19人回复
yahoohoo
铁杆木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 1.55
- 金币: 7636.4
- 散金: 251
- 红花: 4
- 帖子: 1179
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 74894
- 注册: 2005-06-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2010-12-21 20:21:16
ustbmars
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 310.7
- 散金: 1
- 帖子: 97
- 在线: 34.4小时
- 虫号: 468964
- 注册: 2007-11-28
- 专业: 金属材料的微观结构
3楼2010-12-21 23:45:53
yahoohoo
铁杆木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 1.55
- 金币: 7636.4
- 散金: 251
- 红花: 4
- 帖子: 1179
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 74894
- 注册: 2005-06-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2010-12-22 00:30:09
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?” 你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。” 想请问下第一种方法具体怎么弄？我是用DL_POLY算的MD，渴望您的回复 |
5楼2013-03-06 19:46:37
yahoohoo
铁杆木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 1.55
- 金币: 7636.4
- 散金: 251
- 红花: 4
- 帖子: 1179
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 74894
- 注册: 2005-06-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2013-03-07 01:16:42
7楼2013-03-07 10:30:31
yahoohoo
铁杆木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 1.55
- 金币: 7636.4
- 散金: 251
- 红花: 4
- 帖子: 1179
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 74894
- 注册: 2005-06-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2013-03-08 01:05:12
50