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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time)
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ustbmars

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time) 已有3人参与

分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!
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1楼 2010-12-21 05:47:38
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-21 21:22:49
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 05:47:38:
分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!

有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。
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2楼2010-12-21 20:21:16
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ustbmars

铜虫 (小有名气)
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.
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Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16:


有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能 ...

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3楼2010-12-21 23:45:53
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-23 10:29:21
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 23:45:53:
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.



第一种方法所谓“意义明确“其实只是操作起来更为直观罢了。第二种方法也是可行的，所以建议使用两种方法，然后对比下结果，如果一致那就很happy了不是
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4楼2010-12-22 00:30:09
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阿吉你行

金虫 (小有名气)
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1197886楼: Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16
有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得 ...

“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?”
你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。”
想请问下第一种方法具体怎么弄？我是用DL_POLY算的MD，渴望您的回复
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5楼2013-03-06 19:46:37
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
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1987342楼: Originally posted by 阿吉你行 at 2013-03-06 19:46:37
“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?”
你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人 ...

我解释的应该很清楚了啊。
你可以先作出氧原子与其他离子的距离随时间的变化曲线，然后发给我看下。
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6楼2013-03-07 01:16:42
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阿吉你行

金虫 (小有名气)
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1987356楼: Originally posted by yahoohoo at 2013-03-07 01:16:42
我解释的应该很清楚了啊。
你可以先作出氧原子与其他离子的距离随时间的变化曲线，然后发给我看下。...

你好，我刚开始接触MD，不知道怎么得到氧原子与其他离子的距离的数据(用DL_POLY算的MD)?谢谢
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7楼2013-03-07 10:30:31
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
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引用回帖:
1987367楼: Originally posted by 阿吉你行 at 2013-03-07 10:30:31
你好，我刚开始接触MD，不知道怎么得到氧原子与其他离子的距离的数据(用DL_POLY算的MD)?谢谢...

这个要你自己去摸索，我不用这个软件。
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8楼2013-03-08 01:05:12
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