应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time)
51/1返回列表
查看: 3246  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ustbmars

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time) 已有3人参与

分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-21 05:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ustbmars

铜虫 (小有名气)
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16:


有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能 ...

赞一下 回复此楼
3楼2010-12-21 23:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-21 21:22:49
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 05:47:38:
分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!

有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-21 20:21:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-23 10:29:21
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 23:45:53:
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.



第一种方法所谓“意义明确“其实只是操作起来更为直观罢了。第二种方法也是可行的，所以建议使用两种方法，然后对比下结果，如果一致那就很happy了不是
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-12-22 00:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿吉你行

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1197886楼: Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16
有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得 ...

“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?”
你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。”
想请问下第一种方法具体怎么弄？我是用DL_POLY算的MD，渴望您的回复
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-06 19:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-16 18:36 by rRvxEj3zorCy
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-16 17:27 by i3KBRD19ERkG
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 17:12 by i3KBRD19ERkG
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-16 16:27 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 15:51 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +7 recruit123 2026-09-09 7/350 2026-09-16 15:07 by 防腐剂科技部
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-16 07:12 by LH5NkK5Ud4bh
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-16 06:48 by LH5NkK5Ud4bh
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 04:51 by LH5NkK5Ud4bh
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-16 04:27 by DgNGHc3h5tPl
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-16 03:14 by DgNGHc3h5tPl
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:59 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:35 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:47 by CgyNCDVNhGVg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-15 14:58 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:46 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:50 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭