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ustbmars铜虫 (小有名气)
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【求助】如何计算平均滞留时间(residence time) 已有3人参与
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分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!  |
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“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?” 你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。” 想请问下第一种方法具体怎么弄？我是用DL_POLY算的MD，渴望您的回复 |
5楼2013-03-06 19:46:37
yahoohoo
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3楼2010-12-21 23:45:53
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