应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time)
81/1返回列表
查看: 2747  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ustbmars

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time) 已有3人参与

分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-21 05:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-21 21:22:49
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 05:47:38:
分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!

有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-21 20:21:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ustbmars

铜虫 (小有名气)
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16:


有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能 ...

赞一下 回复此楼
3楼2010-12-21 23:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-23 10:29:21
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 23:45:53:
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.



第一种方法所谓“意义明确“其实只是操作起来更为直观罢了。第二种方法也是可行的，所以建议使用两种方法，然后对比下结果，如果一致那就很happy了不是
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-12-22 00:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿吉你行

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1197886楼: Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16
有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得 ...

“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?”
你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。”
想请问下第一种方法具体怎么弄？我是用DL_POLY算的MD，渴望您的回复
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-06 19:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1987342楼: Originally posted by 阿吉你行 at 2013-03-06 19:46:37
“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?”
你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人 ...

我解释的应该很清楚了啊。
你可以先作出氧原子与其他离子的距离随时间的变化曲线，然后发给我看下。
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-07 01:16:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿吉你行

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1987356楼: Originally posted by yahoohoo at 2013-03-07 01:16:42
我解释的应该很清楚了啊。
你可以先作出氧原子与其他离子的距离随时间的变化曲线，然后发给我看下。...

你好，我刚开始接触MD，不知道怎么得到氧原子与其他离子的距离的数据(用DL_POLY算的MD)?谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-07 10:30:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1987367楼: Originally posted by 阿吉你行 at 2013-03-07 10:30:31
你好，我刚开始接触MD，不知道怎么得到氧原子与其他离子的距离的数据(用DL_POLY算的MD)?谢谢...

这个要你自己去摸索，我不用这个软件。
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-08 01:05:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ustbmars 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070300化学319求调剂 +7 锦鲤0909 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:46 by JourneyLucky
[考研] 材料工程（专）一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] 278求调剂 +6 烟火先于春 2026-03-17 6/300 2026-03-21 01:57 by JourneyLucky
[考研] 280求调剂 +7 咕噜晓晓 2026-03-18 8/400 2026-03-21 01:27 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕，总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:16 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +8 申子申申 2026-03-19 13/650 2026-03-21 00:09 by 刘国森
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +5 tcxiaoxx 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 求调剂 +5 Mqqqqqq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:46 by zhukairuo
[考研] 一志愿北京化工大学0703化学318分，有科研经历，求调剂 +4 一瓶苯甲酸 2026-03-14 4/200 2026-03-20 20:36 by fen_rao
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 15/750 2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭