应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time)
81/1返回列表
查看: 2790  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ustbmars

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time) 已有3人参与

分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-21 05:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-21 21:22:49
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 05:47:38:
分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计? 请有经验的虫虫们不吝赐教啊. 如果有code可供参考那就更好了. 先谢谢了!

有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-21 20:21:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ustbmars

铜虫 (小有名气)
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16:


有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能 ...

赞一下 回复此楼
3楼2010-12-21 23:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-23 10:29:21
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2010-12-21 23:45:53:
谢谢, 我更倾向于第一种方法, 意义比较明确.



第一种方法所谓“意义明确“其实只是操作起来更为直观罢了。第二种方法也是可行的，所以建议使用两种方法，然后对比下结果，如果一致那就很happy了不是
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-12-22 00:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿吉你行

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1197886楼: Originally posted by yahoohoo at 2010-12-21 20:21:16
有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得 ...

“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?”
你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人为设定的标准（例如两者距离在$r_L$与$r_U$之间定义为相互作用的状态）从trajectory中提取滞留时间，然后就能得到该时间的分布，最后便可以确定平均滞留时间；另一种是计算距离的时间相关函数，从而确定特征的相关时间。这个时间可以看作是平均滞留时间。后一种思路你也可以参考Gromacs中氢键的指认算法。”
想请问下第一种方法具体怎么弄？我是用DL_POLY算的MD，渴望您的回复
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-06 19:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1987342楼: Originally posted by 阿吉你行 at 2013-03-06 19:46:37
“分析MD模拟轨迹, 想比较氧离子在不同元素离子周围的平均滞留时间, 即residence time, 该如何统计?”
你的回答“有两种可能的方法，一种是记录氧原子与某种元素离子的距离随时间的信息（trajectory），然后根据人 ...

我解释的应该很清楚了啊。
你可以先作出氧原子与其他离子的距离随时间的变化曲线，然后发给我看下。
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-07 01:16:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿吉你行

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1987356楼: Originally posted by yahoohoo at 2013-03-07 01:16:42
我解释的应该很清楚了啊。
你可以先作出氧原子与其他离子的距离随时间的变化曲线，然后发给我看下。...

你好，我刚开始接触MD，不知道怎么得到氧原子与其他离子的距离的数据(用DL_POLY算的MD)?谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-07 10:30:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1987367楼: Originally posted by 阿吉你行 at 2013-03-07 10:30:31
你好，我刚开始接触MD，不知道怎么得到氧原子与其他离子的距离的数据(用DL_POLY算的MD)?谢谢...

这个要你自己去摸索，我不用这个软件。
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-08 01:05:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ustbmars 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 366求调剂 +7 不知名的小卅 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:45 by PeggyPeng17
[考研] 085410 273分调剂 +4 X1999 2026-04-09 4/200 2026-04-11 13:05 by pies112
[考研] 268分085602化学工程调剂 +27 月照花林。 2026-04-09 27/1350 2026-04-11 10:40 by maddjdld
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-06 10/500 2026-04-11 10:36 by 紫曦紫棋
[考研] 生物学308求调剂（一志愿华东师大） +6 相信必会光芒万� 2026-04-10 6/300 2026-04-11 05:23 by zhuwenxu
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 一志愿211，化学310分，本科重点双非，求调剂 +23 努力奋斗112 2026-04-08 23/1150 2026-04-10 23:29 by 314126402
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
[考研] 机械还有还有名额吗？太难了 +6 笑笑袁 2026-04-10 6/300 2026-04-10 11:54 by 高维春
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +22 土豆er? 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 10:58 by 高维春
[考研] 生物与医药调剂 +5 十七sa 2026-04-05 5/250 2026-04-10 08:14 by kangsm
[考研] 调剂 +19 2261744733 2026-04-08 19/950 2026-04-09 19:11 by vgtyfty
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550， 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
[考研] 368化学求调剂 +13 wwwwabcde 2026-04-07 14/700 2026-04-09 14:47 by heaven_jay
[考研] 307分材料专业求调剂 +12 Hll胡 2026-04-05 12/600 2026-04-08 16:33 by luoyongfeng
[考研] 一志愿华东理工085601材料工程303分求调剂 +15 a1708 2026-04-06 15/750 2026-04-08 16:23 by luoyongfeng
[考研] 071000生物学调剂 +7 拉提桃 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:55 by 52305043001
[考研] 专硕304找调剂，一线城市最好 +3 李lsl李 2026-04-05 3/150 2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 第一志愿东南大学物理313，有科研竞赛获奖经历，希望物理复试调剂 +3 马内橙 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:32 by 蓝云思雨
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭