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moye1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助:运行了gromacs,想查看体系的总原子数和水分子数! 已有3人参与

新手求指点:运行了gromacs,想查看体系的总原子数和水分子数,要怎么做呢,求师兄师姐指点,感激!
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-02-19 11:05:35
moye1991: 金币+2, ★★★很有帮助, 好的,谢谢! 2014-02-19 11:13:01
几个问题,先问问你:
1、在你运行gromacs之前,你是怎么建立你模拟体系的坐标文件的(.pdb 或者.gro 文件)?
2、gromacs手册,有没有先看看呢?
3、传说中的 VMD  听说过吗?搜搜论坛里和VMD官网的资料学习一下吧,这个软件对于MD学习非常重要。

问题解答:总原子数在你模拟之前,肯定会知道的啊,看看你的坐标文件,就知道了。水分子个数在你的 .top 文件里有啊。
所以,先好好看看手册,这些问题就不是问题了。
2楼2014-02-19 10:13:45
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 08:22:59
moye1991: 金币+3, ★★★很有帮助, 恩恩,好的,我试试! 2014-02-21 10:08:22
tail -20 topol.top
这个命令就行了
3楼2014-02-19 21:32:53
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彬哥

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 11:05:38
可以把文件用写字板打开看一下!
4楼2014-02-20 08:26:23
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moye1991

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 彬哥 at 2014-02-20 08:26:23
可以把文件用写字板打开看一下!

好的!
5楼2014-02-21 10:08:38
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