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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 动力学计算过程：时间步长、步数一般设置为多少？
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江xiao鱼

铁虫 (小有名气)

[求助] 动力学计算过程：时间步长、步数一般设置为多少？

动力学计算过程：时间步长、步数一般设置为多少？
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Persistence is the victory！！
1楼 2012-03-17 14:36:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-18 14:46:00
一般情况你都要阅读很多和你相关的参考文献，精度几篇引用次数多的，看看他们的模拟一般都什么时间步长，跑了多久，这才有参考价值。

大家研究的方向，方法都不一样，时间步长都不同，楼上一般0.5fs,我做全原子模拟一般1fs 或者2fs，而做粗粒化模型模拟的时候一般都是 20fs
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3楼2012-03-18 08:43:11
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sdzjc1988

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-18 08:40:05
这个取决于你模拟的物质，固液气的时间步长都不一样，同是固体也会有区别~我做碳结构都是0.5 fs。
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2楼2012-03-18 02:22:56
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-20 14:17:11
时间步长是根据分子振动或转动频率来确定的，陈正隆的《分子模拟的理论与实践》有介绍。

步数的话，可以先试一下。因为分子模拟没有很明确的中断条件，所以只要步数能使系统收敛就可以了。
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壁立万仞，无欲则刚
7楼2012-03-20 09:31:29
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普通回帖

江xiao鱼

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sdzjc1988 at 2012-03-18 02:22:56:
这个取决于你模拟的物质，固液气的时间步长都不一样，同是固体也会有区别~我做碳结构都是0.5 fs。

恩，谢谢~~这个步长是计算得到的？
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Persistence is the victory！！
4楼2012-03-19 17:16:26
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江xiao鱼

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-18 08:43:11:
一般情况你都要阅读很多和你相关的参考文献，精度几篇引用次数多的，看看他们的模拟一般都什么时间步长，跑了多久，这才有参考价值。

大家研究的方向，方法都不一样，时间步长都不同，楼上一般0.5fs,我做全原子 ...

恩，我查的相关文献，只有大概的方法，木有具体参数设置方面的信息，我做的无机盐溶液体系，用的1fs现在，不过我也做过0.5fs、1.2fs，跑出来的结果感觉也没什么太大的改变.
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Persistence is the victory！！
5楼2012-03-19 17:19:59
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sdzjc1988

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 江xiao鱼 at 2012-03-19 17:16:26:
恩，谢谢~~这个步长是计算得到的？

这个算是经验吧，我们实验室搞碳模拟都是用这个时间步，得出的结果很理想
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6楼2012-03-20 05:27:55
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六世之爱

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-20 14:17:24
设为分子中最小伸缩振动周期的十分之一，一般碳氢的伸缩振动周期最短，是10fs。
PS：只是课上理论教学的时候老师这么说过，具体的还是得参考楼上筒子们的说法，具体看文献
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8楼2012-03-20 12:18:41
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江xiao鱼

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chaizhm at 2012-03-20 09:31:29:
时间步长是根据分子振动或转动频率来确定的，陈正隆的《分子模拟的理论与实践》有介绍。

步数的话，可以先试一下。因为分子模拟没有很明确的中断条件，所以只要步数能使系统收敛就可以了。

一般来说，体系不收敛是不是该增加步数呢？
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Persistence is the victory！！
9楼2012-03-21 08:42:21
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江xiao鱼

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 六世之爱 at 2012-03-20 12:18:41:
设为分子中最小伸缩振动周期的十分之一，一般碳氢的伸缩振动周期最短，是10fs。
PS：只是课上理论教学的时候老师这么说过，具体的还是得参考楼上筒子们的说法，具体看文献

好的，谢谢噢~~
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Persistence is the victory！！
10楼2012-03-21 08:43:28
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