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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 做虚拟筛选判断一个化合物好坏的标准是什么
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 做虚拟筛选判断一个化合物好坏的标准是什么

各位，做虚拟筛选时怎么判断一个小分子化合物是筛选得到的有可能合理的化合物，单从binding energy就可以么，个人觉得由于分子结构差别很大，不同分子含有的原子个数差别很大，看最后得到的总的binding energy不能反应问题啊。。。
我试了下，将已经上市的原子数较少的药物分子跟一个比它原子数多的随机的新化合物比较，对接后这个药物分子的binding energy绝对值反而会比新化合物小啊，这是怎么回事，应该不是操作问题。难道这个新化合物会有更好的活性，我觉得不太可能。。。
所以虚拟筛选怎么去判断该合成哪些化合物来提高成功率呢。。。
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1楼 2013-10-14 16:18:20
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
虚拟筛选的binging energy都是简化的打分函数 估算的非常不准确的 除非很相似的分子 否则比较能量很难比出什么来
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2楼2013-10-15 10:05:45
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-15 10:05:45
虚拟筛选的binging energy都是简化的打分函数 估算的非常不准确的 除非很相似的分子 否则比较能量很难比出什么来

那怎么判断筛选出来的分子哪个好哪个不好呢
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3楼2013-10-15 16:39:29
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个问题要是能完美解决，就是药物研发的重大突破了
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4楼2013-10-16 10:04:00
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
请问您是用的什么软件筛选的 是筛选的小分子吧 我用的gromacs 做的不是药物筛选 是基于模板分子A 从几个其他分子中筛选跟A作用最强的功能单体分子B 有些问题始终解决不了 希望能请教您 感激涕零！！！！！
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5楼2013-10-17 16:36:59
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-10-17 16:36:59
请问您是用的什么软件筛选的 是筛选的小分子吧 我用的gromacs 做的不是药物筛选 是基于模板分子A 从几个其他分子中筛选跟A作用最强的功能单体分子B 有些问题始终解决不了 希望能请教您 感激涕零！！！！！

啊 用的Autodock vina，没用过gromacs啊。。。请教不敢当
gromacs是做分子动力学的吧 你用它筛抗体么 那就A和B一起跑分子动力学么 再利用它们的动力学轨迹算结合自由能？ 一点猜想 想法很好，我觉得也不太靠谱。。。 哪里遇到问题了 可以到本论坛特定板块下请教gromacs高手，我不是...
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6楼2013-10-17 17:03:54
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by piscesee at 2013-10-17 17:03:54
啊 用的Autodock vina，没用过gromacs啊。。。请教不敢当
gromacs是做分子动力学的吧 你用它筛抗体么 那就A和B一起跑分子动力学么 再利用它们的动力学轨迹算结合自由能？ 一点猜想 想法很好，我觉得也不太靠谱。。 ...

谢谢哈 不过我的困难好久没解决了
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7楼2013-10-17 18:25:04
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