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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用已建立好的3D-QSAR模型预测虚拟筛选得到的化合物，预测值都一样
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顽灵

新虫 (初入文坛)

[求助] 用已建立好的3D-QSAR模型预测虚拟筛选得到的化合物，预测值都一样

请教各位，我用已经建立好的3D-QSAR CoMFA模型（q2=0.428，r2=0.815），虽然结果也不是很好，但我用这个模型去预测用药效团虚拟筛选的到的化合物是，得到的活性值在1.423-1.425之间，（训练集活性值从0.x到2），试过很多其他模型，也有同样的问题，预测值都基本一致。
而我用别的类型的分子建立的模型预测结果就很正常，预测值从高到底。
请教各位童鞋，这会是什么原因造成的呢？谢谢啦！
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woyaopaocheo

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1楼 2012-08-30 16:17:03
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-31 08:47:12
comfa有一个必须条件，就是你的化合物母核要一致，你化合物多样性么？
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2楼2012-08-31 08:38:48
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顽灵

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-08-31 08:38:48
comfa有一个必须条件，就是你的化合物母核要一致，你化合物多样性么？

母核都是一致的呀，两个苯环用一个linker相连接，对苯环进行修饰的。
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3楼2012-08-31 09:31:20
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)
你化合物的构像是如何得到的？
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4楼2012-08-31 10:04:01
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顽灵

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-08-31 10:04:01
你化合物的构像是如何得到的？

用药效团虚拟筛选得到的
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5楼2012-08-31 10:43:34
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-01 16:19:28
顽灵: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-09-03 10:59:26
3D QSAR对于构想要求非常重要，虚拟筛选得到的构象我认为不是很好，你可以用其他软件，比如corina之类国际比较认可的构象转换
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6楼2012-09-01 13:21:45
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aqiao

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
顽灵: 金币+2, ★有帮助 2012-09-03 10:59:33
q2小于0.5模型不好，要重建。
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7楼2012-09-01 18:34:55
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顽灵

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-09-01 13:21:45
3D QSAR对于构想要求非常重要，虚拟筛选得到的构象我认为不是很好，你可以用其他软件，比如corina之类国际比较认可的构象转换

恩，谢谢拉～
是不是因为虚拟筛选得到的结构跟建立模型是所用的结构差别较大，这样不适合与活性预测呢？
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8楼2012-09-03 10:56:29
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顽灵

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by aqiao at 2012-09-01 18:34:55
q2小于0.5模型不好，要重建。

我看文献中也有q2小于0.5的。。。
那一般q2要达到多少才可以呀？我试了很多，q2都没有大于0.5的。。
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9楼2012-09-03 10:57:41
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
对，虚拟筛选得到的构象很随机，没有国际认可度，最好用专业软件转一下再去做QSAR
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10楼2012-09-03 17:30:39
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