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顽灵

新虫 (初入文坛)

[求助] 用已建立好的3D-QSAR模型预测虚拟筛选得到的化合物,预测值都一样

请教各位,我用已经建立好的3D-QSAR CoMFA模型(q2=0.428,r2=0.815),虽然结果也不是很好,但我用这个模型去预测用药效团虚拟筛选的到的化合物是,得到的活性值在1.423-1.425之间,(训练集活性值从0.x到2),试过很多其他模型,也有同样的问题,预测值都基本一致。
而我用别的类型的分子建立的模型预测结果就很正常,预测值从高到底。
请教各位童鞋,这会是什么原因造成的呢?谢谢啦!
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-31 08:47:12
comfa有一个必须条件,就是你的化合物母核要一致,你化合物多样性么?
2楼2012-08-31 08:38:48
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顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-08-31 08:38:48
comfa有一个必须条件,就是你的化合物母核要一致,你化合物多样性么?

母核都是一致的呀,两个苯环用一个linker相连接,对苯环进行修饰的。
3楼2012-08-31 09:31:20
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

你化合物的构像是如何得到的?
4楼2012-08-31 10:04:01
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顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-08-31 10:04:01
你化合物的构像是如何得到的?

用药效团虚拟筛选得到的
5楼2012-08-31 10:43:34
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-01 16:19:28
顽灵: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-09-03 10:59:26
3D QSAR对于构想要求非常重要,虚拟筛选得到的构象我认为不是很好,你可以用其他软件,比如corina之类国际比较认可的构象转换
6楼2012-09-01 13:21:45
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aqiao

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
顽灵: 金币+2, 有帮助 2012-09-03 10:59:33
q2小于0.5模型不好,要重建。
7楼2012-09-01 18:34:55
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顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-09-01 13:21:45
3D QSAR对于构想要求非常重要,虚拟筛选得到的构象我认为不是很好,你可以用其他软件,比如corina之类国际比较认可的构象转换

恩,谢谢拉~
是不是因为虚拟筛选得到的结构跟建立模型是所用的结构差别较大,这样不适合与活性预测呢?
8楼2012-09-03 10:56:29
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顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by aqiao at 2012-09-01 18:34:55
q2小于0.5模型不好,要重建。

我看文献中也有q2小于0.5的。。。
那一般q2要达到多少才可以呀?我试了很多,q2都没有大于0.5的。。
9楼2012-09-03 10:57:41
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woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
对,虚拟筛选得到的构象很随机,没有国际认可度,最好用专业软件转一下再去做QSAR
10楼2012-09-03 17:30:39
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