24小时热门版块排行榜    

查看: 1968  |  回复: 9

顽灵

新虫 (初入文坛)

[求助] 用已建立好的3D-QSAR模型预测虚拟筛选得到的化合物,预测值都一样

请教各位,我用已经建立好的3D-QSAR CoMFA模型(q2=0.428,r2=0.815),虽然结果也不是很好,但我用这个模型去预测用药效团虚拟筛选的到的化合物是,得到的活性值在1.423-1.425之间,(训练集活性值从0.x到2),试过很多其他模型,也有同样的问题,预测值都基本一致。
而我用别的类型的分子建立的模型预测结果就很正常,预测值从高到底。
请教各位童鞋,这会是什么原因造成的呢?谢谢啦!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-31 08:47:12
comfa有一个必须条件,就是你的化合物母核要一致,你化合物多样性么?
2楼2012-08-31 08:38:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-08-31 08:38:48
comfa有一个必须条件,就是你的化合物母核要一致,你化合物多样性么?

母核都是一致的呀,两个苯环用一个linker相连接,对苯环进行修饰的。
3楼2012-08-31 09:31:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

你化合物的构像是如何得到的?
4楼2012-08-31 10:04:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-08-31 10:04:01
你化合物的构像是如何得到的?

用药效团虚拟筛选得到的
5楼2012-08-31 10:43:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-01 16:19:28
顽灵: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-09-03 10:59:26
3D QSAR对于构想要求非常重要,虚拟筛选得到的构象我认为不是很好,你可以用其他软件,比如corina之类国际比较认可的构象转换
6楼2012-09-01 13:21:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aqiao

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
顽灵: 金币+2, 有帮助 2012-09-03 10:59:33
q2小于0.5模型不好,要重建。
7楼2012-09-01 18:34:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by woyaopaocheo at 2012-09-01 13:21:45
3D QSAR对于构想要求非常重要,虚拟筛选得到的构象我认为不是很好,你可以用其他软件,比如corina之类国际比较认可的构象转换

恩,谢谢拉~
是不是因为虚拟筛选得到的结构跟建立模型是所用的结构差别较大,这样不适合与活性预测呢?
8楼2012-09-03 10:56:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

顽灵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by aqiao at 2012-09-01 18:34:55
q2小于0.5模型不好,要重建。

我看文献中也有q2小于0.5的。。。
那一般q2要达到多少才可以呀?我试了很多,q2都没有大于0.5的。。
9楼2012-09-03 10:57:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woyaopaocheo

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
对,虚拟筛选得到的构象很随机,没有国际认可度,最好用专业软件转一下再去做QSAR
10楼2012-09-03 17:30:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 顽灵 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +3 且听虎啸 2026-08-17 4/200 2026-08-17 22:31 by ccec101
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +36 医学老男孩 2026-08-13 85/4250 2026-08-17 21:23 by lcmdlut
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +5 angus9576 2026-08-17 9/450 2026-08-17 20:57 by ssxclkj
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见