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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » NPT系综下判断是否平衡的标志
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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] NPT系综下判断是否平衡的标志

跑了一段NPT，600K，现在温度变化大概是600±40K，这个浮动可以判断体系在这一系综下达到平衡了吗？
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1楼2013-07-05 22:59:42
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
lucaca(金币+1): 谢谢参与
判断是否平衡的话可以用能量啊，RMSD之类的信息
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2楼2013-07-05 23:54:53
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wbn

银虫 (小有名气)
★
lucaca(金币+1): 谢谢参与
NPT判断是否平衡难道不是看密度的波动么？
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3楼2013-07-06 03:53:40
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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shengxiang at 2013-07-05 23:54:53
判断是否平衡的话可以用能量啊，RMSD之类的信息

那么比如说RMSD，算出来的数值为多少的时候就算是平衡了？
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4楼2013-07-06 05:09:15
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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbn at 2013-07-06 03:53:40
NPT判断是否平衡难道不是看密度的波动么？

可能是我表述的不清楚。我先做了200ps的NPT，密度最后基本上是趋于稳定，大概是1.00±0.05，但是温度的波动一直在减小，于是我就又做了200ps，密度基本上不变，但温度从600±60K减小到600±40K，如果再往下跑的话密度基本上还是不变的，但温度就不太确定了，所以就问一下，±40k 是否可以算作误差范围内的波动。
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5楼2013-07-06 05:21:03
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wbn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
lucaca: 金币+5 2013-07-08 01:58:29
引用回帖:
5楼: Originally posted by lucaca at 2013-07-06 05:21:03
可能是我表述的不清楚。我先做了200ps的NPT，密度最后基本上是趋于稳定，大概是1.00±0.05，但是温度的波动一直在减小，于是我就又做了200ps，密度基本上不变，但温度从600±60K减小到600±40K，如果再往下跑的话密 ...

关注温度的波动这个意义不大吧..因为分子模拟是小体系，而温度是宏观量，体系的温度是由分子的速度和动量算出来的，所以波动一定很大。所以我觉得判断体系是否平衡主要看能量，密度等等是不是收敛，rmsd是不是一条直线，以及测得的各项物理量是不是与实际接近。温度，压力什么的平均值对就行了
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wangyulinup
6楼2013-07-06 10:04:39
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
★
lucaca(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by wbn at 2013-07-06 10:04:39
关注温度的波动这个意义不大吧..因为分子模拟是小体系，而温度是宏观量，体系的温度是由分子的速度和动量算出来的，所以波动一定很大。所以我觉得判断体系是否平衡主要看能量，密度等等是不是收敛，rmsd是不是一条 ...

前辈，如何得到能量，密度呢 ？如何用gui 提取STATIS能量数据吧？求指点，感激不尽！！
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8楼2014-06-26 15:19:40
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beeMD

新虫 (初入文坛)
★
lucaca(金币+1): 谢谢参与
如果是做常规MD，数据收集，跑得时间越长越好，ns级的MD基本上不能说是一定平衡了，扩散过程绝大多数不可能是ns级的，还要注意用对了控温控压的方法

BeeMD.org开发团队
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9楼2014-06-26 18:15:00
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖仅楼主可见
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10楼2014-08-13 17:00:13
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbn at 2013-07-06 03:53:40
NPT判断是否平衡难道不是看密度的波动么？

请问一下NPT模拟的时候压力该如何设置，（我的对象是水溶液）；如果用MS的话，在哪里看密度的波动呢，谢谢~
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11楼2014-09-11 18:19:38
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wbn

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-09-11 18:19:38
请问一下NPT模拟的时候压力该如何设置，（我的对象是水溶液）；如果用MS的话，在哪里看密度的波动呢，谢谢~...

没用过MS，不会，不好意思...
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12楼2014-09-12 22:59:00
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by wbn at 2014-09-12 22:59:00
没用过MS，不会，不好意思......

Thank you all the same
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13楼2014-09-13 08:43:55
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yingying15887楼
2013-07-07 17:50   回复  
lucaca(金币+1): 谢谢参与
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