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NPT系综下判断是否平衡的标志
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lucaca
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NPT系综下判断是否平衡的标志
跑了一段NPT,600K,现在温度变化大概是600±40K,这个浮动可以判断体系在这一系综下达到平衡了吗?
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1楼
2013-07-05 22:59:42
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wbn
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lucaca: 金币+5
2013-07-08 01:58:29
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5楼
:
Originally posted by
lucaca
at 2013-07-06 05:21:03
可能是我表述的不清楚。我先做了200ps的NPT,密度最后基本上是趋于稳定,大概是1.00±0.05,但是温度的波动一直在减小,于是我就又做了200ps,密度基本上不变,但温度从600±60K减小到600±40K,如果再往下跑的话密 ...
关注温度的波动这个意义不大吧..因为分子模拟是小体系,而温度是宏观量,体系的温度是由分子的速度和动量算出来的,所以波动一定很大。所以我觉得判断体系是否平衡主要看能量,密度等等是不是收敛,rmsd是不是一条直线,以及测得的各项物理量是不是与实际接近。温度,压力什么的平均值对就行了
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wangyulinup
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6楼
2013-07-06 10:04:39
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shengxiang
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★
lucaca(金币+1): 谢谢参与
判断是否平衡的话可以用能量啊,RMSD之类的信息
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2楼
2013-07-05 23:54:53
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wbn
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★
lucaca(金币+1): 谢谢参与
NPT判断是否平衡难道不是看密度的波动么?
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3楼
2013-07-06 03:53:40
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lucaca
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2楼
:
Originally posted by
shengxiang
at 2013-07-05 23:54:53
判断是否平衡的话可以用能量啊,RMSD之类的信息
那么比如说RMSD,算出来的数值为多少的时候就算是平衡了?
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4楼
2013-07-06 05:09:15
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