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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)

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[交流] NPT系综下判断是否平衡的标志

跑了一段NPT，600K，现在温度变化大概是600±40K，这个浮动可以判断体系在这一系综下达到平衡了吗？

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1楼 2013-07-05 22:59:42

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shengxiang

木虫 (著名写手)

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★
lucaca(金币+1): 谢谢参与

判断是否平衡的话可以用能量啊，RMSD之类的信息

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2楼2013-07-05 23:54:53

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wbn

银虫 (小有名气)

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★
lucaca(金币+1): 谢谢参与

NPT判断是否平衡难道不是看密度的波动么？

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3楼2013-07-06 03:53:40

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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by shengxiang at 2013-07-05 23:54:53
判断是否平衡的话可以用能量啊，RMSD之类的信息

那么比如说RMSD，算出来的数值为多少的时候就算是平衡了？

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4楼2013-07-06 05:09:15

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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by wbn at 2013-07-06 03:53:40
NPT判断是否平衡难道不是看密度的波动么？

可能是我表述的不清楚。我先做了200ps的NPT，密度最后基本上是趋于稳定，大概是1.00±0.05，但是温度的波动一直在减小，于是我就又做了200ps，密度基本上不变，但温度从600±60K减小到600±40K，如果再往下跑的话密度基本上还是不变的，但温度就不太确定了，所以就问一下，±40k 是否可以算作误差范围内的波动。

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5楼2013-07-06 05:21:03

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wbn

银虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★ ★
lucaca: 金币+5 2013-07-08 01:58:29

引用回帖:

5楼: Originally posted by lucaca at 2013-07-06 05:21:03
可能是我表述的不清楚。我先做了200ps的NPT，密度最后基本上是趋于稳定，大概是1.00±0.05，但是温度的波动一直在减小，于是我就又做了200ps，密度基本上不变，但温度从600±60K减小到600±40K，如果再往下跑的话密 ...

关注温度的波动这个意义不大吧..因为分子模拟是小体系，而温度是宏观量，体系的温度是由分子的速度和动量算出来的，所以波动一定很大。所以我觉得判断体系是否平衡主要看能量，密度等等是不是收敛，rmsd是不是一条直线，以及测得的各项物理量是不是与实际接近。温度，压力什么的平均值对就行了

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wangyulinup

6楼2013-07-06 10:04:39

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wangyulinup

金虫 (正式写手)

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lucaca(金币+1): 谢谢参与

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引用回帖:

6楼: Originally posted by wbn at 2013-07-06 10:04:39
关注温度的波动这个意义不大吧..因为分子模拟是小体系，而温度是宏观量，体系的温度是由分子的速度和动量算出来的，所以波动一定很大。所以我觉得判断体系是否平衡主要看能量，密度等等是不是收敛，rmsd是不是一条 ...

前辈，如何得到能量，密度呢？如何用gui 提取STATIS能量数据吧？求指点，感激不尽！！

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8楼2014-06-26 15:19:40

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