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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 问一个关于聚合物体系平衡的问题
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wangzhikun

金虫 (小有名气)

[交流] 问一个关于聚合物体系平衡的问题

聚合物盒子建好之后，想要对体系进行平衡，我直接在高温（600K）下进行500ps的NPT 模拟，体系密度达到稳定，然后直接将温度降到300K进行500ps的NPT模拟，然后数据收集阶段就是在300K下跑NVT了。各位对有关构型的平衡方法有何看法？
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1楼 2013-12-01 09:16:06
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maomaosmmu

金虫 (小有名气)
★
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与

等等我去看一下
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9楼2013-12-01 10:52:30
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)
★
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
blessing
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11楼2013-12-01 10:59:42
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★ ★
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 值得讨论。 2013-12-01 13:44:17
你 npt 用什么控压器 控压？ 在600k时最好先做几百ps的nvt 再做npt 降到300k后希望现在几百nvt然后再做npt  这样能使晶胞充分松弛，更接近现实情况
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15楼2013-12-01 11:20:54
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-02 09:24:41
你要明确统计计算的性质是什么条件，然后选择相应的系综。
体系是聚合物，完全可以用NPT逐步退火到目标温度，然后在用NVT计算性质。
nose控压的话直接搞起，用Andersen的话，体系可能需要预先平衡。
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18楼2013-12-01 16:48:08
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by hanhan1020 at 2013-12-01 11:20:54
你 npt 用什么控压器 控压？ 在600k时最好先做几百ps的nvt 再做npt 降到300k后希望现在几百nvt然后再做npt  这样能使晶胞充分松弛，更接近现实情况

npt用的nose控压，想着高温下体系应该更容易松弛，所以先在600K跑NPT。主要不太确定体系直接降到300K是不是不太合理。或者用退火逐步将下来更好？
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19楼2013-12-03 08:51:41
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-01 16:48:08
你要明确统计计算的性质是什么条件，然后选择相应的系综。
体系是聚合物，完全可以用NPT逐步退火到目标温度，然后在用NVT计算性质。
nose控压的话直接搞起，用Andersen的话，体系可能需要预先平衡。

恩呢，觉得还是用逐步退火的方法更好一点。直接将温度降下来不利于体系的松弛。3Q！！！
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20楼2013-12-03 08:53:29
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-01 16:48:08
你要明确统计计算的性质是什么条件，然后选择相应的系综。
体系是聚合物，完全可以用NPT逐步退火到目标温度，然后在用NVT计算性质。
nose控压的话直接搞起，用Andersen的话，体系可能需要预先平衡。

想请教一下，做聚合物模拟时，平衡体系过程是不是都用的退火方法来处理的？？？
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21楼2013-12-18 16:20:32
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by wangzhikun at 2013-12-18 16:20:32
想请教一下，做聚合物模拟时，平衡体系过程是不是都用的退火方法来处理的？？？...

聚合物 一般都是用退火处理
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22楼2013-12-19 09:34:09
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豆豆sk8

银虫 (小有名气)
★
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
22楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-19 09:34:09
聚合物 一般都是用退火处理...

同学你好，我现在在模拟聚合物，有点问题需要请教下：
我如果想要构建一个含一个1700单体的PVAc聚合物以及6000个甲醇分子的盒子来跑动力学，那么退火这一步应该在哪里进行呢？   是构建完PVAc并结构优化后就进行，还是说把大盒子构建和出来以后再退火？
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23楼2014-12-10 17:57:56
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豆豆sk8

银虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by hanhan1020 at 2013-12-01 11:20:54
你 npt 用什么控压器 控压？ 在600k时最好先做几百ps的nvt 再做npt 降到300k后希望现在几百nvt然后再做npt  这样能使晶胞充分松弛，更接近现实情况

同学你好，请问你的退火是手动一步步的退火还是用的Forcite-Anneal来做的呢？退火的最高温度是如何确定的呢？非常感谢！
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24楼2014-12-10 17:59:58
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 豆豆sk8 at 2014-12-10 17:59:58
同学你好，请问你的退火是手动一步步的退火还是用的Forcite-Anneal来做的呢？退火的最高温度是如何确定的呢？非常感谢！...

直接用的anneal来做退火，最高温度的选择是参考的文献值。我个人觉的这个温度可以大一点，七八百也行。
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25楼2014-12-11 16:43:29
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豆豆sk8

银虫 (小有名气)
引用回帖:
25楼: Originally posted by wangzhikun at 2014-12-11 16:43:29
直接用的anneal来做退火，最高温度的选择是参考的文献值。我个人觉的这个温度可以大一点，七八百也行。...

非常感谢，还有一些问题就一块问了。。。。
1、我模拟的体系包含一个聚合物1700个单体，6000个甲醇分子，1000个醋酸乙烯分子，共约9000分子（聚合物按照单体算），80000个原子，这样的体系MS能计算么，我这边是用刀片算的；
2、我是要构造一个包含聚合物和分子的盒子，那么我的退火过程是应该在构建盒子之前还是先构建盒子再退火呢？
3、还有就是我看大家模拟过程中做MD都是先NVT后NPT或者先NPT后NVT，这两个哪个更准确一些呢，原理是什么呢？

望不吝赐教啊~~非常感谢~~
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26楼2014-12-11 17:55:40
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readytogo2楼
2013-12-01 09:53   回复  
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
kiss200855373楼
2013-12-01 10:12   回复  
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
！ [ 发自小木虫客户端 ]
aboluo1983314楼
2013-12-01 10:18   回复  
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
风雨飘然5楼
2013-12-01 10:23   回复  
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
hppdyx6楼
2013-12-01 10:24   回复  
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
祝福 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
haixiawu7楼
2013-12-01 10:30   回复  
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
会飞的乌龟--8楼
2013-12-01 10:45   回复  
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westlife91110楼
2013-12-01 10:52   回复  
wangzhikun(金币+1): 谢谢参与
1
yaoyao14512楼
2013-12-01 11:08   回复  
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bbeerrss13楼
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祝福
lzboy31514楼
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shaoyangno16楼
2013-12-01 14:44   回复  
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huachao9017楼
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