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笑问天木虫 (著名写手)
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NPT系综的平衡问题
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最近投了篇稿子，讨论的是溶剂与晶面相互作用对晶体形貌的影响，建立了一个溶剂与晶面相互作用的模型进行分子动力学计算，采用NPT系综。审稿人提出如下的意见，认为计算没有达到平衡，但具体的我看得不太明白，是要延长计算的时间尺度吗？如何判断体系已经达到平衡了？我不是专业做模拟计算的，这些东西都是我自学的，老板对这方面也不了解，还请各位高人不吝赐教啊。 Indeed, NPT molecular dynamics at atmospheric pressure and at room temperature is required in order of relax all the tensions and compressions within the simulated cell. Generally, when NPT molecular dynamics is performed on a crystal structure whose coordinates are taken from X-Ray diffraction experiments, the density decreases by 5 to 15 %, thus the simulated cube expands. To me this is extremely important as all the estimated quantities that derive from the model are dependant on such initial treatment. I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated. |
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 MD分子动力学 |
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