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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » NPT系综的平衡问题
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笑问天

木虫 (著名写手)

[求助] NPT系综的平衡问题

最近投了篇稿子，讨论的是溶剂与晶面相互作用对晶体形貌的影响，建立了一个溶剂与晶面相互作用的模型进行分子动力学计算，采用NPT系综。审稿人提出如下的意见，认为计算没有达到平衡，但具体的我看得不太明白，是要延长计算的时间尺度吗？如何判断体系已经达到平衡了？我不是专业做模拟计算的，这些东西都是我自学的，老板对这方面也不了解，还请各位高人不吝赐教啊。

Indeed, NPT molecular dynamics at atmospheric pressure and at room temperature is required in order of relax all the tensions and compressions within the simulated cell. Generally, when NPT molecular dynamics is performed on a crystal structure whose coordinates are taken from X-Ray diffraction experiments, the density decreases by 5 to 15 %, thus the simulated cube expands. To me this is extremely important as all the estimated quantities that derive from the model are dependant on such initial treatment.

I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated.
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1楼 2011-06-27 10:57:40
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笑问天

木虫 (著名写手)
youzhizhe: 建议选择“引用回复”。 2011-06-30 19:33:08
他前段是说NPT在模拟的时候由于体积是变化的，盒子的密度有一定程度的下降，从而导致盒子的体积发生膨胀。因此用NPT进行处理的时候这个问题特别重要。那么是不是说光用NPT系综不合适？或者先跑NVT平衡系统，再跑NPT校正密度，最后再选个合适的系综进行数据收集？
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5楼2011-06-30 10:13:50
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笑问天

木虫 (著名写手)
自己顶一下，别沉了。
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2楼2011-06-27 12:12:50
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rzhheart

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-30 19:32:33
笑问天(金币+50): 2011-06-30 19:48:09
I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated。

这个是说你弛豫时间不够~
貌似help里面说的是先10ps(NPT)之后再100ps(NVT)，这应该算是最短的弛豫时间了。。。 既然是发文章，就不能少于这个时间吧！
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勤奋，求实，进取，奉献！
4楼2011-06-30 09:07:15
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rzhheart

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-30 19:42:49
笑问天(金币+50): 2011-06-30 19:48:05
溶剂与晶面相互作用对晶体形貌的~
根据你模拟的内容来看，NPT和NVT都是可以的，关键是你跑完动力学后的分析，侧重点在哪里。
至于平衡，就是之前我说的，那是最简单的方法
赞一下(2人) 回复此楼
勤奋，求实，进取，奉献！
6楼2011-06-30 19:36:45
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