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匿名

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2楼2014-08-21 20:08:53
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
【讨论】lammps中怎样检验模拟系统在NVT系综下弛豫是否达到平衡?
http://muchong.com/html/201111/2142461.html
3楼2014-08-21 21:01:56
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匿名

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4楼2014-08-21 22:00:46
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daicong

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuzhu0706: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-08-25 17:10:14
1. 请问lammps确定好模拟盒子尺寸的话仍会变化吗?
是有可能会变化的,特别是你用npt之后,由于你固定了p,所以体系为了达到平衡会发生变大或者缩小。
2. 请问下应该如何得到平衡态文件呢
不清楚你的potential是怎么定义的,如果定义了两个不同的分子:油和水,那么你就可以用group命令分开平衡。
3. 应该如何判断此分子是属于上边界还是下边界呢
如果是两个不同的分子,dump出来的每个原子有id type可以区分。
或者通过性质区分:csp,coordinates,等等
5楼2014-08-23 01:09:20
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匿名

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6楼2014-08-25 17:34:24
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mileyfan

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-08-25 17:34:24
谢谢回复,特别特别感谢。可否进一步指导一下呢,感激不尽!
1. lammps跑完npt后我希望得到的结果是油相体系的真实密度,但得到的密度总是偏小
2.我在in文件中定义了两种不同的分子,nonbonded用的LJ,bonded用的 ...

楼主你好,请问你的问题后来是如何解决的呢?
关于两相产生界面以及处于边界处被分散的分子我也困扰了好久

谢谢了!
7楼2016-03-11 16:53:47
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