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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps计算油水界面，油相密度、平衡等问题求指导
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匿名

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1楼 2014-08-21 17:19:19
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匿名

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2楼2014-08-21 20:08:53
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
【讨论】lammps中怎样检验模拟系统在NVT系综下弛豫是否达到平衡？
http://muchong.com/html/201111/2142461.html
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3楼2014-08-21 21:01:56
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匿名

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4楼2014-08-21 22:00:46
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daicong

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liuzhu0706: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-08-25 17:10:14
1. 请问lammps确定好模拟盒子尺寸的话仍会变化吗？
是有可能会变化的，特别是你用npt之后，由于你固定了p，所以体系为了达到平衡会发生变大或者缩小。
2. 请问下应该如何得到平衡态文件呢
不清楚你的potential是怎么定义的，如果定义了两个不同的分子：油和水，那么你就可以用group命令分开平衡。
3. 应该如何判断此分子是属于上边界还是下边界呢
如果是两个不同的分子，dump出来的每个原子有id type可以区分。
或者通过性质区分：csp,coordinates,等等
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5楼2014-08-23 01:09:20
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匿名

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6楼2014-08-25 17:34:24
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mileyfan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-08-25 17:34:24
谢谢回复，特别特别感谢。可否进一步指导一下呢，感激不尽！
1. lammps跑完npt后我希望得到的结果是油相体系的真实密度，但得到的密度总是偏小
2.我在in文件中定义了两种不同的分子，nonbonded用的LJ，bonded用的 ...

楼主你好，请问你的问题后来是如何解决的呢？
关于两相产生界面以及处于边界处被分散的分子我也困扰了好久

谢谢了！
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7楼2016-03-11 16:53:47
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