24小时热门版块排行榜    

查看: 2727  |  回复: 6

匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   同方向广播   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
2楼2014-08-21 20:08:53
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
【讨论】lammps中怎样检验模拟系统在NVT系综下弛豫是否达到平衡?
http://muchong.com/html/201111/2142461.html
3楼2014-08-21 21:01:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
4楼2014-08-21 22:00:46
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

daicong

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuzhu0706: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-08-25 17:10:14
1. 请问lammps确定好模拟盒子尺寸的话仍会变化吗?
是有可能会变化的,特别是你用npt之后,由于你固定了p,所以体系为了达到平衡会发生变大或者缩小。
2. 请问下应该如何得到平衡态文件呢
不清楚你的potential是怎么定义的,如果定义了两个不同的分子:油和水,那么你就可以用group命令分开平衡。
3. 应该如何判断此分子是属于上边界还是下边界呢
如果是两个不同的分子,dump出来的每个原子有id type可以区分。
或者通过性质区分:csp,coordinates,等等
5楼2014-08-23 01:09:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
6楼2014-08-25 17:34:24
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

mileyfan

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-08-25 17:34:24
谢谢回复,特别特别感谢。可否进一步指导一下呢,感激不尽!
1. lammps跑完npt后我希望得到的结果是油相体系的真实密度,但得到的密度总是偏小
2.我在in文件中定义了两种不同的分子,nonbonded用的LJ,bonded用的 ...

楼主你好,请问你的问题后来是如何解决的呢?
关于两相产生界面以及处于边界处被分散的分子我也困扰了好久

谢谢了!
7楼2016-03-11 16:53:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuzhu0706 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见