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issp-hao

银虫 (正式写手)

[交流] 关于npt系综设定？

最近学习用LAMMPS做lipid bilayer的分子动力学模拟，对几个问题感到困惑，有没有做过这方面模拟的童鞋，请教一下：
1.模型构建，我看文献上的模型构建都写的不怎么详细，就自己写了段小程序，大体是这么进行的，参考文献中的每个lipid分子的平均横向面积，按照正方形晶格排一层头基珠子，然后在头基珠子上再接tail。然后复制成双层膜，形成的初始构型，这种做法做出的初始构型类似于有序的晶体结构。请教有经验的同学，这种做法是否合理？
2.我看文献中跑双层膜的过程，其中文献中是这样说的。
The initial configuration is equilibrated to a zero-lateral-tension state using the NPT ensemble. This typically took around 104τ .The equilibrium box length for the uncharged system was found to be L ≈ 50σ, while for the most charged 1 : 3 system,the equilibrium box size slightly shrank to L ≈ 48.5σ.Upon equilibration, the system was simulated for an additional 105τ in the NVT ensemble using standard Nosé-Hoover thermostat.
这里我用npt系综平衡至a zero-lateral-tension state，这个命令遇到了麻烦
我写的命令是 fix 1 all npt temp 0.7 0.7 10.0  aniso 0.0 0.0 100.0，
如果用压强是0.0的话，系统体积在不断的膨胀，也不能形成文件中的双层膜，而是整的盒子都充满了lipid，不像文献中的那样，只在盒子中间形成了很好的双层膜，用压强是一的话，盒子总是变小，也形不成膜，想请教下，怎么设定npt系综平衡至a zero-lateral-tension state
ps：参考文献
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    • 2014-08-11 17:55:45, 1.05 M

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1楼 2014-08-11 17:56:10
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
2楼2014-08-12 00:30:17
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
帮顶~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
3楼2014-08-12 06:35:57
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我对分子模拟也感兴趣，会不会和timestep有关，timestep小一点会不会更好
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4楼2014-08-12 11:49:31
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issp-hao

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gulubaozi at 2014-08-12 11:49:31
我对分子模拟也感兴趣，会不会和timestep有关，timestep小一点会不会更好

这个我试过，好像没有关系，只是步长不能太大，否则键容易断，体系就不能运行了。

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5楼2014-08-13 17:27:09
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meimei108

新虫 (初入文坛)
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6楼2014-10-12 18:20:33
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