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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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newhoperoad

木虫 (正式写手)


[交流] 碳纳米管MD模拟中积分时间步长选取时存在的问题

在使用MS的discover模拟碳纳米管,随意建立一个碳纳米管模型,然后在setup中选择compass力场,其他选择默认;dynamics中选择NPT系综,步数设置为500000,积分时间步长设定为1fs 或者0.5fs,温度使用Anderrsen控制在室温298K,其他为默认值;然后开始计算,计算中出现的问题是:温度波动很大,无法保持温度恒定在298K,这是为什么呢?
对于强悍的MS,不应该在这么基本的运算上出问题啊?请指教,谢谢!
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★ ★ ★ ★ ★
newhoperoad: 金币+5 2014-01-03 22:32:31
如果一定要精确控温
用Velocity scale恒温器
12楼2014-01-03 17:06:48
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普通回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)


我猜想,是不是因为碳纳米管是自身非常稳定的刚性结构,在自身结构平衡的基础上,任何一点的外界环境变化,都会引起分子结构整体连锁式的运动,从而使动能增加,温度升高。不知道是不是这样的,或者有别的什么原因?
2楼2014-01-03 13:58:11
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sciencejoy

新虫 (著名写手)


跑平衡了没有?
3楼2014-01-03 15:32:22
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hanhan1020

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
newhoperoad: 金币+5, 第一个回复,谢谢啦 2014-01-03 20:00:52
恒定在298K?你所谓的恒定是什么意思?只要在298+—10k内都算可以,如果是后期波动大 考虑噪音项影响
4楼2014-01-03 15:52:14
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newhoperoad

木虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 15:52:14
恒定在298K?你所谓的恒定是什么意思?只要在298+—10k内都算可以,如果是后期波动大 考虑噪音项影响

波动超过了+-10K,请问您说的噪音项指的是精度吗?

[ Last edited by newhoperoad on 2014-1-3 at 16:15 ]
5楼2014-01-03 16:09:24
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newhoperoad

木虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-01-03 15:32:22
跑平衡了没有?

跑够5ns,还是波动比较大,应该是@hanhan1020 说的噪音问题
6楼2014-01-03 16:13:21
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hanhan1020

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你改控温器  Nose 试试
7楼2014-01-03 16:17:11
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hanhan1020

木虫 (正式写手)


噪音项 可以通过控温器的选择减小的,你用nose试试
8楼2014-01-03 16:18:42
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newhoperoad

木虫 (正式写手)


引用回帖:
8楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 16:18:42
噪音项 可以通过控温器的选择减小的,你用nose试试

我用nose试了一下,还是存在温度波动过大的问题,还可能是什么原因呢?
9楼2014-01-03 16:42:31
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hanhan1020

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by newhoperoad at 2014-01-03 16:42:31
我用nose试了一下,还是存在温度波动过大的问题,还可能是什么原因呢?...

温度波动有多大?
10楼2014-01-03 16:46:56
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
温度上下涨落是正常现象,平衡时围绕一个稳定值即可。
11楼2014-01-03 17:05:05
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newhoperoad

木虫 (正式写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 16:46:56
温度波动有多大?...

温度波动在50~70k
13楼2014-01-03 19:22:00
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newhoperoad

木虫 (正式写手)


引用回帖:
12楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-01-03 17:06:48
如果一定要精确控温
用Velocity scale恒温器

Velocity Scale 确实实现了控温,但是动画图片显示碳纳米管振动非常剧烈,有突然的较大的位移,结构整体有跳跃,这是怎么回事啊?用其他方法控温,振动没有那么剧烈,运动是连续的。
14楼2014-01-03 19:58:37
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hanhan1020

木虫 (正式写手)


多优化一下结构
15楼2014-01-03 20:01:34
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newhoperoad

木虫 (正式写手)


引用回帖:
15楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 20:01:34
多优化一下结构

优化过了,碳纳米管本身就是优化好的结构,结果没什么变化,还是存在这个问题
16楼2014-01-03 22:29:29
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