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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 碳纳米管MD模拟中积分时间步长选取时存在的问题
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newhoperoad

木虫 (正式写手)

[交流] 碳纳米管MD模拟中积分时间步长选取时存在的问题

在使用MS的discover模拟碳纳米管，随意建立一个碳纳米管模型，然后在setup中选择compass力场，其他选择默认；dynamics中选择NPT系综，步数设置为500000，积分时间步长设定为1fs 或者0.5fs，温度使用Anderrsen控制在室温298K，其他为默认值；然后开始计算，计算中出现的问题是：温度波动很大，无法保持温度恒定在298K，这是为什么呢？
对于强悍的MS，不应该在这么基本的运算上出问题啊？请指教，谢谢！
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1楼2014-01-03 10:40:08
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
newhoperoad: 金币+5 2014-01-03 22:32:31
如果一定要精确控温
用Velocity scale恒温器
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12楼2014-01-03 17:06:48
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
我猜想，是不是因为碳纳米管是自身非常稳定的刚性结构，在自身结构平衡的基础上，任何一点的外界环境变化，都会引起分子结构整体连锁式的运动，从而使动能增加，温度升高。不知道是不是这样的，或者有别的什么原因？
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2楼2014-01-03 13:58:11
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
跑平衡了没有？
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3楼2014-01-03 15:32:22
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
newhoperoad: 金币+5, 第一个回复，谢谢啦 2014-01-03 20:00:52
恒定在298K?你所谓的恒定是什么意思？只要在298+—10k内都算可以，如果是后期波动大 考虑噪音项影响
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4楼2014-01-03 15:52:14
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 15:52:14
恒定在298K?你所谓的恒定是什么意思？只要在298+—10k内都算可以，如果是后期波动大 考虑噪音项影响

波动超过了+-10K，请问您说的噪音项指的是精度吗？

[ Last edited by newhoperoad on 2014-1-3 at 16:15 ]
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5楼2014-01-03 16:09:24
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-01-03 15:32:22
跑平衡了没有？

跑够5ns，还是波动比较大，应该是@hanhan1020 说的噪音问题
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6楼2014-01-03 16:13:21
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你改控温器  Nose 试试
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7楼2014-01-03 16:17:11
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
噪音项 可以通过控温器的选择减小的，你用nose试试
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8楼2014-01-03 16:18:42
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 16:18:42
噪音项 可以通过控温器的选择减小的，你用nose试试

我用nose试了一下，还是存在温度波动过大的问题，还可能是什么原因呢？
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9楼2014-01-03 16:42:31
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by newhoperoad at 2014-01-03 16:42:31
我用nose试了一下，还是存在温度波动过大的问题，还可能是什么原因呢？...

温度波动有多大？
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10楼2014-01-03 16:46:56
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
温度上下涨落是正常现象，平衡时围绕一个稳定值即可。
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11楼2014-01-03 17:05:05
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 16:46:56
温度波动有多大？...

温度波动在50～70k
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13楼2014-01-03 19:22:00
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-01-03 17:06:48
如果一定要精确控温
用Velocity scale恒温器

Velocity Scale 确实实现了控温，但是动画图片显示碳纳米管振动非常剧烈，有突然的较大的位移，结构整体有跳跃，这是怎么回事啊？用其他方法控温，振动没有那么剧烈，运动是连续的。
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14楼2014-01-03 19:58:37
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
多优化一下结构
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15楼2014-01-03 20:01:34
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 20:01:34
多优化一下结构

优化过了，碳纳米管本身就是优化好的结构，结果没什么变化，还是存在这个问题
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16楼2014-01-03 22:29:29
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