应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 碳纳米管MD模拟中积分时间步长选取时存在的问题
161/1返回列表
查看: 2364  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

newhoperoad

木虫 (正式写手)

[交流] 碳纳米管MD模拟中积分时间步长选取时存在的问题

在使用MS的discover模拟碳纳米管，随意建立一个碳纳米管模型，然后在setup中选择compass力场，其他选择默认；dynamics中选择NPT系综，步数设置为500000，积分时间步长设定为1fs 或者0.5fs，温度使用Anderrsen控制在室温298K，其他为默认值；然后开始计算，计算中出现的问题是：温度波动很大，无法保持温度恒定在298K，这是为什么呢？
对于强悍的MS，不应该在这么基本的运算上出问题啊？请指教，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-01-03 10:40:08
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

月只蓝

主管区长 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
newhoperoad: 金币+5 2014-01-03 22:32:31
如果一定要精确控温
用Velocity scale恒温器
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2014-01-03 17:06:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)
我猜想，是不是因为碳纳米管是自身非常稳定的刚性结构，在自身结构平衡的基础上，任何一点的外界环境变化，都会引起分子结构整体连锁式的运动，从而使动能增加，温度升高。不知道是不是这样的，或者有别的什么原因？
赞一下 回复此楼
2楼2014-01-03 13:58:11
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)
跑平衡了没有？
回复此楼
3楼2014-01-03 15:32:22
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
newhoperoad: 金币+5, 第一个回复，谢谢啦 2014-01-03 20:00:52
恒定在298K?你所谓的恒定是什么意思？只要在298+—10k内都算可以，如果是后期波动大 考虑噪音项影响
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-03 15:52:14
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 15:52:14
恒定在298K?你所谓的恒定是什么意思？只要在298+—10k内都算可以，如果是后期波动大 考虑噪音项影响

波动超过了+-10K，请问您说的噪音项指的是精度吗？

[ Last edited by newhoperoad on 2014-1-3 at 16:15 ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-01-03 16:09:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-01-03 15:32:22
跑平衡了没有？

跑够5ns，还是波动比较大，应该是@hanhan1020 说的噪音问题
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-03 16:13:21
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你改控温器  Nose 试试
赞一下 回复此楼
7楼2014-01-03 16:17:11
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
噪音项 可以通过控温器的选择减小的，你用nose试试
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-03 16:18:42
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 16:18:42
噪音项 可以通过控温器的选择减小的，你用nose试试

我用nose试了一下，还是存在温度波动过大的问题，还可能是什么原因呢？
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-03 16:42:31
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by newhoperoad at 2014-01-03 16:42:31
我用nose试了一下，还是存在温度波动过大的问题，还可能是什么原因呢？...

温度波动有多大？
赞一下 回复此楼
10楼2014-01-03 16:46:56
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
温度上下涨落是正常现象，平衡时围绕一个稳定值即可。
赞一下 回复此楼
11楼2014-01-03 17:05:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 16:46:56
温度波动有多大？...

温度波动在50～70k
赞一下 回复此楼
13楼2014-01-03 19:22:00
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-01-03 17:06:48
如果一定要精确控温
用Velocity scale恒温器

Velocity Scale 确实实现了控温，但是动画图片显示碳纳米管振动非常剧烈，有突然的较大的位移，结构整体有跳跃，这是怎么回事啊？用其他方法控温，振动没有那么剧烈，运动是连续的。
赞一下 回复此楼
14楼2014-01-03 19:58:37
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
多优化一下结构
回复此楼
15楼2014-01-03 20:01:34
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newhoperoad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-01-03 20:01:34
多优化一下结构

优化过了，碳纳米管本身就是优化好的结构，结果没什么变化，还是存在这个问题
赞一下 回复此楼
16楼2014-01-03 22:29:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 newhoperoad 的主题更新
161/1返回列表
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭