| 查看: 3851 | 回复: 20 | |||||
ChemiAndy木虫 (正式写手)
|
[交流]
【原创】EMASS是CPMD最重要的参数已有14人参与
|
|
我们组今天举办了CPMD Workshop. Radu Iftime from UdeMon给了Lecture. 本人负责的是tutorial部分。不过我也是Beginner。Radu的Lecture给了我很大启发。其中印象最深的是Emass是CPMD最重要的参数。 比较CPMD和BOMD，CPMD最重要的区别在于波函数(壳层电子)作为动力学变量在盒子内传播。它有虚拟质量fictitious mass，它有速度，自然也有动能。那么这个动能，Ekinetic，属于一个虚拟量，凭空捏造出来的，目的是通过波函数的自然传播，免去优化波函数的步骤。（BOMD每一步都要优化波函数）。这就产生一个问题，离子(原子核+内层电子赝势=离子)自然要传递能量给波函数这个运动员。毕竟在一起运动，碰撞嘛。那么能量在离子和电子之间的交换就是人为的，artifact。在实际体系中，这种传递是不存在的。Born-Openheimer说的就是原子核运动与电子运动的分离嘛。现在你耦合在一起，能量传来传去的，这不真实。而且，电子虚拟质量越大，越不真实。这是CPMD最大的局限。本来嘛，想省事都是要付出代价的。 Radu组里面研究了这个虚拟质量的影响。对于水，如果EMASS虚拟质量选择不当，比如用780，那么这个g(r)和红外光谱都要和真实值差好多，就是说对结构和动力学结果造成了严重的偏差。而如果EMASS用270, 就好很多，基本和真实值一致。 那是不是说选择虚拟质量越小越好呢？是的，那样的话，coupling gap就会很大。那就能很好地实现离子和电子运动的分离，也就越接近于真实。但是，如果选择较小的EMASS，也是要付出代价的。代价就是，。。。。(回帖可见) CPMD默认的EMASS是400,很多人从来不改，我也是，因为我并不知道要怎么改，改大点好，还是改小点好。现在，Radu的研究就是告诉你，在可能的情况下越小越好。对于电子-离子耦合不严重的体系（比如，所有离子的质量都很大，至少不包含H原子）你可以使用较大的EMASS，但你一定要警惕，如果你计算的是动力学量，比如振动光谱，或扩散系数，你可能得到较大的偏差。 那么除了以上两个参数，还有什么参数是重要的？当然是Cutoff。这个相当于Gauss里面的基组大小。直接决定了计算的效率。如果你看文献，90%都用Cutoff 70+BLYP。但是如果你真做过验证，即计算Plot Cutoff~Energy的变化，去找那个Plateau，你就会发现，小于120Ry，根本就不可能。Radu的验证推荐，至少要用100Ry，才不会对动力学结果产生严重偏差。 70Ry， 结构量g(r)可能是对的，但振动和扩散就未必了。 以上讨论全部基于MT赝势，即Martin-Trulier Pseudopotential，cutoff一般要>70Ry 用超软赝势的话，一般赝势选取25Ry。 超硬赝势的话，一般Cutoff选择140Ry。 谢谢valenhou001 指正。 [ Last edited by ChemiAndy on 2012-2-26 at 13:48 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 模型 - 模拟 - 统计 - 热力学 | 我学习计算的一些帖子 |
» 猜你喜欢
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗
已经有8人回复
-
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有5人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有4人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有14人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
TiO2晶胞参数优化问题
已经有4人回复- TiO2 晶胞参数优化问题
已经有3人回复
- 【美语怎么说 How to say it 】001-山寨
已经有8人回复
- NPT系综动力学
已经有19人回复
- 求废旧塑料的主要参数指标
已经有15人回复
- 【求助】高岭土模拟废水浊度的测定
已经有5人回复
- 【求助】2个cpmd问题，一个是时间步长，一个是ficitious electronic mass！
已经有11人回复
- 【求助】CPMD计算的问题
已经有3人回复
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-04-15 11:36:45
|
[ Last edited by ChemiAndy on 2011-4-15 at 14:43 ] |
3楼2011-04-15 14:35:06
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2011-04-15 14:42:52
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
就是就是5楼2011-04-15 15:09:41
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
6楼2011-04-15 15:10:55
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-16 09:10:21
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-16 09:10:21
|
你是指NPT系综吧。你是遇到了什么具体的问题吗？ 我只能泛泛讲一下我的理解。Cutoff代表了平面波函数的基组的大小，决定势能计算的精度，这个应该与具体的系综没有什么关系。cutoff当然是越大越好。但是太大计算起来太慢，而且一般超过140Ry，能量的改善微乎其微，所以在70-140之间选择。一般是这样，分别娶70， 80， 90， 100， 110， 120， 130，140，计算能量，Plot一下，找到Plateau就好了。 如果你遇到特别的问题，建议你最好找这方面的测试的论文来看。跟着研究论文的结论走，不能跟着俺这种山寨玩家的感觉走。 [ Last edited by ChemiAndy on 2011-4-17 at 03:22 ] |
7楼2011-04-16 08:07:17
valenhou001
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 241 (大学生)
- 金币: 25701.7
- 散金: 602
- 红花: 166
- 帖子: 3782
- 在线: 873.8小时
- 虫号: 1007127
- 注册: 2010-04-27
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
8楼2011-04-27 13:09:43
valenhou001
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 241 (大学生)
- 金币: 25701.7
- 散金: 602
- 红花: 166
- 帖子: 3782
- 在线: 873.8小时
- 虫号: 1007127
- 注册: 2010-04-27
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2011-04-27 13:11:26
10楼2011-05-02 07:18:12