| 查看: 2990 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
笑问天木虫 (著名写手)
|
[求助]
NPT系综的平衡问题
|
||
|
最近投了篇稿子，讨论的是溶剂与晶面相互作用对晶体形貌的影响，建立了一个溶剂与晶面相互作用的模型进行分子动力学计算，采用NPT系综。审稿人提出如下的意见，认为计算没有达到平衡，但具体的我看得不太明白，是要延长计算的时间尺度吗？如何判断体系已经达到平衡了？我不是专业做模拟计算的，这些东西都是我自学的，老板对这方面也不了解，还请各位高人不吝赐教啊。 Indeed, NPT molecular dynamics at atmospheric pressure and at room temperature is required in order of relax all the tensions and compressions within the simulated cell. Generally, when NPT molecular dynamics is performed on a crystal structure whose coordinates are taken from X-Ray diffraction experiments, the density decreases by 5 to 15 %, thus the simulated cube expands. To me this is extremely important as all the estimated quantities that derive from the model are dependant on such initial treatment. I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated. |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MD分子动力学 |
» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有22人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Lammps计算油水界面，油相密度、平衡等问题求指导
已经有6人回复
- 关于npt系综设定？
已经有5人回复
- gromacs中加入离子的个数计算问题
已经有5人回复
- lammps中的npt系综下逐步降温问题
已经有3人回复
- 问一个关于聚合物体系平衡的问题
已经有25人回复
- MS模拟 周期性条件 没有看到分子进入模拟盒
已经有5人回复
- NPT系综下判断是否平衡的标志
已经有12人回复
- 扩散系数的计算及体系平衡的判断
已经有4人回复
- LAMMPS温度控制----如何达到平衡态
已经有4人回复
- MS 系综平均 分子动力学
已经有5人回复
- 如何计算溶剂盒子密度
已经有15人回复
- NPT系综动力学
已经有19人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- 径向分布函数的问题
已经有13人回复
- OpenGL超级宝典第5版中例子的问题
已经有8人回复
- 单质硫被二硫化碳溶解的原理？
已经有15人回复
- 第一原理动力学的系综选择，和各种系综的输入文件Example
已经有13人回复
- Gibbs系综和NPT系综的区别
已经有4人回复
- nvt系综，系统总能量震荡厉害
已经有9人回复
- 【讨论】系综问题
已经有32人回复
- 【讨论】关于md中系统稳定的问题
已经有10人回复
- 【求助】HPLC-RID二极管未平衡，为什么
已经有6人回复
笑问天
木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 3684.5
- 散金: 336
- 红花: 10
- 帖子: 1346
- 在线: 217.9小时
- 虫号: 170374
- 注册: 2006-01-17
- 性别: GG
- 专业: 高分子组装与超分子结构
8楼2011-07-01 09:41:27
笑问天
木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 3684.5
- 散金: 336
- 红花: 10
- 帖子: 1346
- 在线: 217.9小时
- 虫号: 170374
- 注册: 2006-01-17
- 性别: GG
- 专业: 高分子组装与超分子结构
2楼2011-06-27 12:12:50
rzhheart
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 38 (小学生)
- 贵宾: 0.423
- 金币: 13337.8
- 散金: 6451
- 红花: 52
- 帖子: 1887
- 在线: 3686.6小时
- 虫号: 934991
- 注册: 2009-12-29
- 性别: MM
- 专业: 智能材料
4楼2011-06-30 09:07:15
笑问天
木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 3684.5
- 散金: 336
- 红花: 10
- 帖子: 1346
- 在线: 217.9小时
- 虫号: 170374
- 注册: 2006-01-17
- 性别: GG
- 专业: 高分子组装与超分子结构
5楼2011-06-30 10:13:50