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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
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匿名

用户注销 (正式写手)
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1楼2010-07-18 22:37:14
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-08-01 14:48:08
只能是实际情况了。
  namd的强大。
  1。在于可以使用tcl脚本去自己编写一些程序。就是可以根据你自己的情况去改些东西。                                
2。并且最近出来的colvar用来算自由能也是很强大的一个工具。
3。最近出来的namd都是可以用cuda加速的，速度会快很多。

  gmx也很强大。 有很多计算技术，例如CGMD，REMD现在都是在gmx上实现的。不过要是自己修改的话，就不如namd那么方便了。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2010-08-01 14:42:33
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-19 13:28:15
简单的问题，gromacs简单；麻烦的问题，namd简单。
个人看法。
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2楼2010-07-19 10:48:38
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sunburst8796

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-20 09:18:37
楼上的回答很精辟啊~呵呵~GROMACS速度比较快，学起来也比较容易上手，缺点是缺乏高档次的分析工具，如果你要计算FEP的话，GMX就要自己写脚本，同时，NAMD实现SMD也是很方便的~看你的需要了~
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3楼2010-07-19 21:28:35
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ASP2009

银虫 (小有名气)

呵呵

★ ★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-08-10 13:54:50
其实无所谓简单还是不简单
关键看适合不适合
二者功能都很强大。
Gromacs，速度快，力场多，分析系统模块化，操作稍微复杂些，GROMACS是分子动力学通用软件包，用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子，如蛋白质，油脂等有大量复杂健作用的体系，但是由于GROMACS在计算非键作用（这占了模拟的主要部分）时相当快，因此也可广泛应用于非生物体系，如聚合物.NAMD使用的力场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系.和VMD连用的时候，加上TCL和PERL语言，功能很强大。
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5楼2010-08-10 12:18:18
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