24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3420  |  回复: 5

匿名

用户注销 (正式写手)


本帖仅楼主可见
已阅   同方向广播   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   删除   查看我的主页

wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-19 13:28:15
简单的问题,gromacs简单;麻烦的问题,namd简单。
个人看法。
2楼2010-07-19 10:48:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunburst8796

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-20 09:18:37
楼上的回答很精辟啊~呵呵~GROMACS速度比较快,学起来也比较容易上手,缺点是缺乏高档次的分析工具,如果你要计算FEP的话,GMX就要自己写脚本,同时,NAMD实现SMD也是很方便的~看你的需要了~
3楼2010-07-19 21:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-08-01 14:48:08
只能是实际情况了。
  namd的强大。
  1。在于可以使用tcl脚本去自己编写一些程序。就是可以根据你自己的情况去改些东西。                                
2。并且最近出来的colvar用来算自由能也是很强大的一个工具。
3。最近出来的namd都是可以用cuda加速的,速度会快很多。

  gmx也很强大。 有很多计算技术,例如CGMD,REMD现在都是在gmx上实现的。不过要是自己修改的话,就不如namd那么方便了。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
4楼2010-08-01 14:42:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ASP2009

银虫 (小有名气)

呵呵

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+5):谢谢 2010-08-10 13:54:50
其实无所谓简单还是不简单
关键看适合不适合
二者功能都很强大。
Gromacs,速度快,力场多,分析系统模块化,操作稍微复杂些,GROMACS是分子动力学通用软件包,用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子,如蛋白质,油脂等有大量复杂健作用的体系,但是由于GROMACS在计算非键作用(这占了模拟的主要部分)时相当快,因此也可广泛应用于非生物体系,如聚合物.NAMD使用的力场有charmm,x-plor,amber 等,适合模拟蛋白质,核酸,细胞膜等体系.和VMD连用的时候,加上TCL和PERL语言,功能很强大。
5楼2010-08-10 12:18:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)

两个都还没有用过,准备开始学习。
6楼2010-08-10 13:37:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yiwi123 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 南京大学化学调剂 +9 景随风 2026-03-29 14/700 2026-03-29 21:22 by chixmc
[考博] 26申博自荐 +6 whh869393 2026-03-24 6/300 2026-03-29 21:05 by nxgogo
[考研] 环境工程 085701,267求调剂 +6 minht 2026-03-29 6/300 2026-03-29 16:21 by 学员8dgXkO
[考研] 375求调剂 +4 雨夏整夜 2026-03-29 4/200 2026-03-29 12:09 by 无际的草原
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 321求调剂 +7 璞玉~~ 2026-03-25 8/400 2026-03-29 06:41 by 544594351
[考研] 289求调剂 +13 新时代材料 2026-03-27 13/650 2026-03-29 01:16 by 544594351
[考研] 356求调剂 +3 gysy?s?a 2026-03-28 3/150 2026-03-29 00:33 by 544594351
[考研] 0856,材料与化工321分求调剂 +12 大馋小子 2026-03-27 13/650 2026-03-28 10:56 by self2008
[考研] 265求调剂11408 +3 刘小鹿lu 2026-03-27 3/150 2026-03-27 20:53 by nihaoar
[考研] 求调剂 +3 刘柯@ 2026-03-24 4/200 2026-03-27 11:28 by shangxh
[考研] 324求调剂 +8 hanamiko 2026-03-26 10/500 2026-03-27 08:06 by hypershenger
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 机械学硕310分,数一英一,一志愿211本科双非找调剂信息 +3 @357 2026-03-25 3/150 2026-03-26 16:34 by by.MENG
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿哈工大,085400,320,求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
[考研] 接收2026硕士调剂(学硕+专硕) +4 allen-yin 2026-03-23 6/300 2026-03-23 15:04 by 汪!?!
信息提示
请填处理意见