24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1365  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问gromacs并行命令 已有4人参与

我在四核的电脑上安装了并行的gromacs-4.0.7
请问并行命令是怎样的呀
如:pdb2gmx
editconf
genbox
grompp
mdrun
这些命令怎样写成并行命令呢
谢谢

[ Last edited by patent on 2010-6-15 at 10:03 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-16 16:05:40
patent(金币+3):谢谢!!! 2010-06-21 09:18:06
以LAM为例,只需运行时 mpirun -np x mdrun,x为你需要的核数
4楼2010-06-16 15:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

patent

至尊木虫 (正式写手)

我用mdrun_mpi命令跑动力学时
cpu只用了一个核运算(如下图),怎样才能用四个核运算呢,谢谢
2楼2010-06-15 12:28:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
雪狼乖乖(金币+3):谢谢你 2010-06-15 16:13:09
patent(金币+2):谢谢!!! 2010-06-21 09:17:43
首先你要安装mpi等并行相关软件,然后不要安装已经编译好的gromacs,这些编译好的软件默认下不支持并行,推荐自己手动编译安装gromacs,在./configure 的时候打开并行开关,使用的时候加上并行选项就可以了,具体你可以看看mdbbs和gromacs上面的install安装说明
3楼2010-06-15 12:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-16 19:56:59
patent(金币+5):谢谢!!! 2010-06-21 09:18:29
对于OpenMPI,运行命令:mpirun -np x mdrun_mpi ......
然后另开一个终端,运行命令:top 1
查看是否为期望的结果

[ Last edited by xiaowu759 on 2010-6-16 at 17:09 ]
5楼2010-06-16 17:08:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 学硕274求调剂 +9 Li李鱼 2026-03-26 9/450 2026-03-28 21:42 by bymhappy
[考研] 一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利|求调剂 +7 Micky11223 2026-03-25 7/350 2026-03-28 18:34 by 无际的草原
[考研] 317求调剂 +6 十闲wx 2026-03-24 6/300 2026-03-28 13:27 by Iveryant
[考研] 0856,材料与化工321分求调剂 +12 大馋小子 2026-03-27 13/650 2026-03-28 10:56 by self2008
[考研] 材料求调剂一志愿哈工大324 +7 闫旭东 2026-03-28 9/450 2026-03-28 08:51 by Xu de nuo
[考研] 070300化学求调剂 +4 起个名咋这么难 2026-03-27 4/200 2026-03-27 21:39 by 83503孙老师
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 材料与化工085600,总分304,本科有两篇sci参与,求调剂 +10 幸运的酱酱 2026-03-22 12/600 2026-03-27 16:08 by muchong357
[考研] 085600,材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 材料求调剂 +5 .m.. 2026-03-25 5/250 2026-03-27 11:08 by 不吃魚的貓
[考研] 0703化学一志愿南京师范大学303求调剂 +3 zzffylgg 2026-03-24 3/150 2026-03-27 10:42 by shangxh
[考研] 284求调剂 +11 junqihahaha 2026-03-26 12/600 2026-03-27 04:37 by wxiongid
[考研] 材料调剂 5+4 想要一壶桃花水 2026-03-25 10/500 2026-03-26 19:56 by 不吃魚的貓
[考研] 中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培 +5 YangTyu1 2026-03-26 5/250 2026-03-26 18:27 by 猫咪猫咪呀
[考研] 一志愿天津大学339材料与化工求调剂 +3 江往卖鱼 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:42 by 王小欠i
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315(英一)求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
信息提示
请填处理意见