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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问gromacs并行命令
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patent

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问gromacs并行命令已有4人参与

我在四核的电脑上安装了并行的gromacs-4.0.7
请问并行命令是怎样的呀
如：pdb2gmx
editconf
genbox
grompp
mdrun
这些命令怎样写成并行命令呢
谢谢

[ Last edited by patent on 2010-6-15 at 10:03 ]
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1楼2010-06-14 22:28:50
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-16 16:05:40
patent(金币+3):谢谢！！！ 2010-06-21 09:18:06
以LAM为例，只需运行时 mpirun -np x mdrun，x为你需要的核数
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4楼2010-06-16 15:37:04
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patent

至尊木虫 (正式写手)
我用mdrun_mpi命令跑动力学时
cpu只用了一个核运算（如下图），怎样才能用四个核运算呢，谢谢
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2楼2010-06-15 12:28:32
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
雪狼乖乖(金币+3):谢谢你 2010-06-15 16:13:09
patent(金币+2):谢谢！！！ 2010-06-21 09:17:43
首先你要安装mpi等并行相关软件，然后不要安装已经编译好的gromacs，这些编译好的软件默认下不支持并行，推荐自己手动编译安装gromacs，在./configure 的时候打开并行开关，使用的时候加上并行选项就可以了，具体你可以看看mdbbs和gromacs上面的install安装说明
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3楼2010-06-15 12:33:20
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-16 19:56:59
patent(金币+5):谢谢！！！ 2010-06-21 09:18:29
对于OpenMPI，运行命令：mpirun -np x mdrun_mpi ......
然后另开一个终端，运行命令：top 1
查看是否为期望的结果

[ Last edited by xiaowu759 on 2010-6-16 at 17:09 ]
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5楼2010-06-16 17:08:13
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