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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
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lishuxian

银虫 (小有名气)

[求助] [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令

最近我们实验室的服务器上新装上了Gromacs-4.5.4，老外帮我们装的，但是我们都不会用，小弟不才刚开始学，很多不懂，望指教！

@node13:~> pdb2gmx --help
-bash: pdb2gmx: command not found

PS：我们一直是用Monte Carlo的，基本都是自己编程，最近老板想让我们学点MD的软件操作。
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OneStepADay!
1楼 2011-08-09 13:22:14
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-10 21:06:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by lishuxian at 2011-08-09 14:43:38:
我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夹下有g_luck，如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC            g_confrms      g_luck       g_rotacf   
...
...
node13:/usr/local/gro ...

如果你的环境变量中没有当前目录，执行程序是要把路径写上的。

你执行一下：
/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lishuxian
4楼2011-08-09 15:56:30
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查看全部 10 个回答

winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
lishuxian(金币+1): 2011-08-09 14:27:19
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-10 21:06:16
应该是环境变量没设好吧。
参阅：http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-08-09 14:11:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishuxian

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by winterz at 2011-08-09 14:11:55:
应该是环境变量没设好吧。
参阅：http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup

我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夹下有g_luck，如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC            g_confrms      g_luck       g_rotacf   
...
...
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # g_luck
-bash: g_luck: command not found
但是还是不能执行，...
赞一下 回复此楼
OneStepADay!
3楼2011-08-09 14:43:38
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lishuxian

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by winterz at 2011-08-09 15:56:30:
如果你的环境变量中没有当前目录，执行程序是要把路径写上的。

你执行一下：
/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck

谢了，可以了。
@node13:~>/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
gcq#64: "Keep Your Shoes and Socks On, People" (F. Zappa)

但是，我每次要运行都必须加上usr/local/gromacs-4.5.4/bin/[command]才能用，请问有何简便一点的方法，谢过！
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OneStepADay!
5楼2011-08-09 23:18:24
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