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lishuxian

银虫 (小有名气)

[求助] [新手求教]安装Gromacs后,查看pdb2gmx命令,显示无此命令

最近我们实验室的服务器上新装上了Gromacs-4.5.4,老外帮我们装的,但是我们都不会用,小弟不才刚开始学,很多不懂,望指教!

@node13:~> pdb2gmx --help
-bash: pdb2gmx: command not found

PS:我们一直是用Monte Carlo的,基本都是自己编程,最近老板想让我们学点MD的软件操作。
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OneStepADay!
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lishuxian

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lishuxian at 2011-08-09 23:18:24:
谢了,可以了。
@node13:~>/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
gcq#64: "Keep Your Shoes and Socks On, People" (F. Zappa)

但是,我每次要运行都必须加上usr/local/gromacs-4.5.4/bin/[co ...

现在我又遇到了一个问题,我现在上传不了文件到服务器上了,前几天还可以。我用师兄的账号可以,就我的不行,不知道怎么回事。
我用的是SSH,后来又在自己的机子上装了winSCP,试了一下还是不能上传,说明我的SSH没有问题,所以我想应该是服务器对我的操作权限做了限制,但是我不会改,求教!
不太明白的是,以前怎么没问题,现在怎么又不行了,没有人动服务器呀,郁闷。
OneStepADay!
8楼2011-08-16 16:37:46
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
lishuxian(金币+1): 2011-08-09 14:27:19
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-10 21:06:16
应该是环境变量没设好吧。
参阅:http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup
2楼2011-08-09 14:11:55
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lishuxian

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by winterz at 2011-08-09 14:11:55:
应该是环境变量没设好吧。
参阅:http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup

我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夹下有g_luck,如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC            g_confrms      g_luck       g_rotacf   
...
...
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # g_luck
-bash: g_luck: command not found
但是还是不能执行,...
OneStepADay!
3楼2011-08-09 14:43:38
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winterz

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-10 21:06:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by lishuxian at 2011-08-09 14:43:38:
我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夹下有g_luck,如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC            g_confrms      g_luck       g_rotacf   
...
...
node13:/usr/local/gro ...

如果你的环境变量中没有当前目录,执行程序是要把路径写上的。

你执行一下:
/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck

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4楼2011-08-09 15:56:30
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