应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何制作简单的化学分子的pdb文件
51/1返回列表
查看: 3957  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yinxg2008

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与

我是初学者，想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学，使用NAMD和VMD运算，首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件？例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件？ 谢谢
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yinxg2008

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-12-10 19:01:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinxg2008

新虫 (初入文坛)
我使用MS画个分子图生成pdb文件，当我用Jmol,Hyperchem和VMD打开后，发现分子之间键的连接和以前大不相同啊
赞一下 回复此楼
8楼2011-12-13 19:40:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-10 20:23:04
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:12
chemoffice就可以啊~
赞一下(4人) 回复此楼
2楼2011-12-10 19:16:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dreamtiger

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-12-10 19:16:59:
chemoffice就可以啊~

这个软件做好的pdb和立场中的原子名称相同吗？我感觉做出的pdb不一定可以直接用
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-12-12 08:51:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinxg2008

新虫 (初入文坛)
Jmol可以生产pdb文件吗？
赞一下 回复此楼
5楼2011-12-12 15:23:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭