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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何制作简单的化学分子的pdb文件
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yinxg2008

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与

我是初学者，想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学，使用NAMD和VMD运算，首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件？例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件？ 谢谢
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yinxg2008

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1楼 2011-12-10 19:01:20
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yinxg2008

新虫 (初入文坛)
我使用MS画个分子图生成pdb文件，当我用Jmol,Hyperchem和VMD打开后，发现分子之间键的连接和以前大不相同啊
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8楼2011-12-13 19:40:52
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-10 20:23:04
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:12
chemoffice就可以啊~
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2楼2011-12-10 19:16:59
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dreamtiger

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-12-10 19:16:59:
chemoffice就可以啊~

这个软件做好的pdb和立场中的原子名称相同吗？我感觉做出的pdb不一定可以直接用
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4楼2011-12-12 08:51:32
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yinxg2008

新虫 (初入文坛)
Jmol可以生产pdb文件吗？
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5楼2011-12-12 15:23:58
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