24小时热门版块排行榜    

查看: 3884  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yinxg2008

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与

我是初学者,想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学,使用NAMD和VMD运算,首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件?例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件? 谢谢
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinxg2008

新虫 (初入文坛)

Jmol可以生产pdb文件吗?
5楼2011-12-12 15:23:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-10 20:23:04
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:12
chemoffice就可以啊~
2楼2011-12-10 19:16:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dreamtiger

铜虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-12-10 19:16:59:
chemoffice就可以啊~

这个软件做好的pdb和立场中的原子名称相同吗?我感觉做出的pdb不一定可以直接用
4楼2011-12-12 08:51:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loudonghua

银虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-12-12 17:01:42
MS可以产生PDB,能被VMD识别
6楼2011-12-12 16:50:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+3 winsaint 2026-08-27 6/300 2026-08-28 01:46 by alongwaytogo
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +9 Kittylucky 2026-08-27 9/450 2026-08-28 01:08 by jurkat.1640
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +7 苏东坡二世 2026-08-23 7/350 2026-08-27 18:14 by 瞬息宇宙
[基金申请] 基金不中,共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
请填处理意见