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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何制作简单的化学分子的pdb文件
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yinxg2008

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与

我是初学者，想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学，使用NAMD和VMD运算，首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件？例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件？ 谢谢
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yinxg2008

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1楼 2011-12-10 19:01:20
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-10 20:23:04
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:12
chemoffice就可以啊~
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2楼2011-12-10 19:16:59
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普通回帖

yinxg2008

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
非常感谢！
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3楼2011-12-11 16:31:30
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dreamtiger

铜虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-12-10 19:16:59:
chemoffice就可以啊~

这个软件做好的pdb和立场中的原子名称相同吗？我感觉做出的pdb不一定可以直接用
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4楼2011-12-12 08:51:32
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yinxg2008

新虫 (初入文坛)
Jmol可以生产pdb文件吗？
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5楼2011-12-12 15:23:58
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loudonghua

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-12-12 17:01:42
MS可以产生PDB，能被VMD识别
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6楼2011-12-12 16:50:13
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熙满0118

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
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jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-12-12 19:37:29
可以用AUTODOCK做
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7楼2011-12-12 17:34:35
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yinxg2008

新虫 (初入文坛)
我使用MS画个分子图生成pdb文件，当我用Jmol,Hyperchem和VMD打开后，发现分子之间键的连接和以前大不相同啊
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8楼2011-12-13 19:40:52
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shengxiang

木虫 (著名写手)
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jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:54
御剑江湖: 可以更详细点，下次有机会获得EPI 2011-12-21 16:12:15
生成pdb的话总结下比较方便简单的有三种：1.Chemoffice，2.Gaussview，3.Materials Studio。生成的pdb文件gromacs都是可以识别的，但是个别的文件需要简单的处理一下，例如Materials Studio生成的文件中会多出几行乱七八糟的东西，你直接删掉就可以了，只保留原子的那些~
    没太明白你所说的“键的连接和以前大不相同”，指的是键级变了吗？还是咋的？如果是键级变的话倒是没什么的，因为不同的软件中对于键的距离并不是按照统一的标准认的，稍微就行优化就可以了，或者说这合理的范围就行了~
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9楼2011-12-14 09:22:40
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贝叶斯

禁言 (知名作家)
★
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本帖内容被屏蔽
10楼2011-12-14 09:37:03
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