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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何制作简单的化学分子的pdb文件
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:14:17
绝大多数md 软件, 如gmx, namd 等等, 都需要一个properly formatted 的PDB档
里头每列都包含必要的分子描述信息, to map between entries in the PDB
file and force field parameters in the parameter file.
Chem3D, MS 等生成的pdb 只是一个非常非常初级的文件, 还有大量的后期修饰

vmd 做pdb 也要手工做这些, 倒是更方便些
pdb 的文件格式推荐看看这个
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=38024
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11楼2011-12-14 10:22:28
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yinxg2008

新虫 (初入文坛)
非常感谢大家的帮助
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12楼2011-12-15 15:09:53
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