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如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与
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| 我是初学者，想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学，使用NAMD和VMD运算，首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件？例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件？ 谢谢 |
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:14:17
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:14:17
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绝大多数md 软件, 如gmx, namd 等等, 都需要一个properly formatted 的PDB档 里头每列都包含必要的分子描述信息, to map between entries in the PDB file and force field parameters in the parameter file. Chem3D, MS 等生成的pdb 只是一个非常非常初级的文件, 还有大量的后期修饰 vmd 做pdb 也要手工做这些, 倒是更方便些 pdb 的文件格式推荐看看这个 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=38024 |
11楼2011-12-14 10:22:28
2楼2011-12-10 19:16:59
4楼2011-12-12 08:51:32
5楼2011-12-12 15:23:58