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wdali金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】求一个磷脂双分子膜的PDB文件已有3人参与
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| 小弟听闻脂质双分子层是可以构造出来的，所以想看看各位哥哥姐姐们手头有没有现成的，不不胜感激啊。 |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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如果你问的是脂双层（就是三明治那种）的的话，只用GROMACS就可以， 这是官网教程http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction/bilayers 这是中文版的http://jerkwin.github.io/2016/11/03/Martini实例教程Lip/ 里面的这个文件bilayer_tutorial.zip里面有所需要的模拟用文件，和已经模拟后的结果文件（可用来自己模拟后比较用），其中结构就是pdb格式的，再加上轨迹文件可用VMD查看到双层形成过程 如果你问的是脂质体那种球状的话，可以用packmol或者charmm-gui(跑的时候有水洞，最后封上)， 资料或文献也可在网上查到， 不过他是先摆成球的样子，再跑一跑的，查看的话用VMD就行， 数据分析在教程里也都有，具体各个数据分析什么意思可查找知网的中文文献，里面有中文的，比较好理解。 |
10楼2017-03-15 22:52:53