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wdali

金虫 (正式写手)

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专业: 环境微生物学

[交流] 【求助】求一个磷脂双分子膜的PDB文件已有3人参与

小弟听闻脂质双分子层是可以构造出来的，所以想看看各位哥哥姐姐们手头有没有现成的，不不胜感激啊。

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统治这个世界的是想象力

1楼2010-08-23 18:35:27

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msqwems

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

如果你问的是脂双层（就是三明治那种）的的话，只用GROMACS就可以，
这是官网教程http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction/bilayers
这是中文版的http://jerkwin.github.io/2016/11/03/Martini实例教程Lip/
里面的这个文件bilayer_tutorial.zip里面有所需要的模拟用文件，和已经模拟后的结果文件（可用来自己模拟后比较用），其中结构就是pdb格式的，再加上轨迹文件可用VMD查看到双层形成过程
如果你问的是脂质体那种球状的话，可以用packmol或者charmm-gui(跑的时候有水洞，最后封上)，
资料或文献也可在网上查到，
不过他是先摆成球的样子，再跑一跑的，查看的话用VMD就行，
数据分析在教程里也都有，具体各个数据分析什么意思可查找知网的中文文献，里面有中文的，比较好理解。