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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 哪位知道如何构建这种模型
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sungjen

银虫 (著名写手)

[求助] 哪位知道如何构建这种模型 已有6人参与

想用vasp计算，但是缺少这种模型的构建。如下图 求大神帮忙
哪位知道如何构建这种模型
N8~5~EJBAQM6P]00G)57Q9S.jpg
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希望有一天成为大神
1楼 2014-02-24 15:43:02
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

eygnef

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
17楼: Originally posted by sungjen at 2014-02-27 09:38:35
对应标号的原子替换了，等价位置不也有原子吗，还有你说的文献能否给些提示...

以AB为例，超胞有60个原子，也就是60个坐标，
导出的元素信息，自己处理下，应该可以找到类似以下的
1 A  x1,y1,z1
2 B  x2,y2,z2
3 A  x3,y3,z3
......
60 B x60,y60,z60
我说的替换是
把
1 A  x1,y1,z1 替换成 1 C  x1,y1,z1
得到
1 C  x1,y1,z1
2 B  x2,y2,z2
3 A  x3,y3,z3
......
60 B x60,y60,z60
超胞中的等价位置，互不影响。
文献是，根据你研究的问题，去查查为好。
比如有些第一近邻是不稳定的，做随机的时候就限制下条件。
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20楼2014-02-27 22:11:47
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普通回帖

零下1℃

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sungjen: 金币+2 2014-02-25 19:01:37
这个可以做的，在MS里面建立出模型，导出各个原子坐标位置，写入VASP里面 的POSCAR就OK啦
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2楼2014-02-24 15:53:09
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sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 零下1℃ at 2014-02-24 15:53:09
这个可以做的，在MS里面建立出模型，导出各个原子坐标位置，写入VASP里面 的POSCAR就OK啦

关键是这个模型不好构建啊 因为有对称性和周期性  ，取消对称性的话就没有化学键了
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希望有一天成为大神
3楼2014-02-24 16:03:18
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golddoushi

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sungjen: 金币+5, ★有帮助 2014-02-25 19:01:27
凡是晶体都有空间群，找生成矢，直接MS输入矢量自动就建好了
你的不是晶体就建0维的超胞，一个一个原子坐标输入
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4楼2014-02-24 16:31:43
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sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by golddoushi at 2014-02-24 16:31:43
凡是晶体都有空间群，找生成矢，直接MS输入矢量自动就建好了
你的不是晶体就建0维的超胞，一个一个原子坐标输入

能否详细解释下，其实我要建的是一种参杂吧，所以就算有空间群，也不能随便就能改成我要的结构啊 ，还有就是零维的超胞如何建？
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希望有一天成为大神
5楼2014-02-24 17:15:19
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golddoushi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by sungjen at 2014-02-24 17:15:19
能否详细解释下，其实我要建的是一种参杂吧，所以就算有空间群，也不能随便就能改成我要的结构啊 ，还有就是零维的超胞如何建？...

参杂直接建干净的超胞，然后掺就是了。在足够大的超胞里，参杂必然是周期性的，每个超胞里杂质原子都在同样的位置
零维的用直角坐标把所有的原子坐标写好，然后晶格常数放到很大，使各个方向间隔15埃，不过这样就是不是周期性晶体了，变成纳米颗粒了。
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6楼2014-02-24 18:27:12
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sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by golddoushi at 2014-02-24 18:27:12
参杂直接建干净的超胞，然后掺就是了。在足够大的超胞里，参杂必然是周期性的，每个超胞里杂质原子都在同样的位置
零维的用直角坐标把所有的原子坐标写好，然后晶格常数放到很大，使各个方向间隔15埃，不过这样就 ...

纳米颗粒倒不需要了  ，还是晶体掺杂，但是我上传的图片上是可以任意掺杂的啊  不知道怎么建出来的
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希望有一天成为大神
7楼2014-02-24 19:26:53
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golddoushi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sungjen at 2014-02-24 19:26:53
纳米颗粒倒不需要了  ，还是晶体掺杂，但是我上传的图片上是可以任意掺杂的啊  不知道怎么建出来的...

先建不掺的超胞，然后随便掺呗。有些文献里的图不一定就是最小周期单元，可能是一部分。但是建出来计算的超胞一定是成周期的
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8楼2014-02-24 23:06:37
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DarkArchon

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sungjen: 金币+10, ★有帮助 2014-02-25 19:01:00
高浓度掺杂，杂质原子是随机分布的。
建议楼主了解一下 Special quasirandom structure 方法
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9楼2014-02-25 00:27:08
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sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by golddoushi at 2014-02-24 23:06:37
先建不掺的超胞，然后随便掺呗。有些文献里的图不一定就是最小周期单元，可能是一部分。但是建出来计算的超胞一定是成周期的...

额，好吧  ，但是这个图白色的原子是随机分布的 ，就算是一部分，也没发成立吧
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希望有一天成为大神
10楼2014-02-25 19:00:07
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