应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » DGGE序列建系统发育树原序列和比对序列分离
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 1834  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

echo1234

金虫 (小有名气)

[求助] DGGE序列建系统发育树原序列和比对序列分离 已有5人参与

请问一下我用DGGE测序序列用MEGA建立系统发育树的时候，在NCBI上比对的序列和原序列是完全分离的，变成了两个大的分支，即NCBI上的序列一起，原序列一起，比对的相似率基本在93%以上，不知道为什么会出现这个原因，以前做克隆文库的时候从来没有出现过这种情况。谢谢！

[ Last edited by silicare on 2014-2-17 at 11:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-02-13 06:37:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

echo1234

金虫 (小有名气)
2楼2014-02-14 08:04:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cx13033236

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-02-15 17:00:48
echo1234: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-02-25 22:59:26
用DGGE法进行菌株鉴定只是利用了DNA保守区的一部分片段扩增，通常在100-250bp长度，由于片段长度过小，不能够准确判断序列本身的信息，而克隆文库就比DGGE要精确的多。
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-15 09:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2014神虫浮云

铁虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 屏蔽内容 2014-02-15 16:55:55
本帖内容被屏蔽
4楼2014-02-15 14:29:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

echo1234

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cx13033236 at 2014-02-15 09:13:06
用DGGE法进行菌株鉴定只是利用了DNA保守区的一部分片段扩增，通常在100-250bp长度，由于片段长度过小，不能够准确判断序列本身的信息，而克隆文库就比DGGE要精确的多。

谢谢，但是建立系统发育树的时候不应该出现原序列和比对序列完全分离的状况吧。很奇怪。
赞一下 回复此楼
5楼2014-02-16 00:25:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cx13033236

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by echo1234 at 2014-02-16 00:25:44
谢谢，但是建立系统发育树的时候不应该出现原序列和比对序列完全分离的状况吧。很奇怪。...

你所说的问题是由于在NCBI上选择的对比序列相似度过低，从而导致了建树的分支，你可以找找相似度更高的序列建树
赞一下 回复此楼
6楼2014-02-17 09:52:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

forrestgump

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
echo1234: 金币+5, ★★★很有帮助, 发现是序列没有反过来，谢谢 2014-02-25 23:00:15
这个可能是由于你的分类不够全所致，当物种丰富后可能会聚到一起。
赞一下 回复此楼
7楼2014-02-17 12:27:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-02-19 17:30:40
echo1234: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-02-25 23:02:01
你要确定NCBI下载下来的序列方向与你测序得到序列的方向一致，都是5-3端方向或者3-5方向。
赞一下 回复此楼
8楼2014-02-19 16:29:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
echo1234: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-02-25 23:02:15
你要看比对的结果是否是plus/plus，若是plus/minus 则需要将你的序列反向再来比对。希望对你有帮助
赞一下 回复此楼
新手入门求各位大神指导
9楼2014-02-21 14:18:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 echo1234 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +13 壹贰贰亿 2026-04-04 13/650 2026-04-05 22:21 by hemengdong
[考研] 求调剂 +14 111623 2026-04-04 16/800 2026-04-05 22:09 by 醉翁wl
[考研] 262求调剂 +7 天下第一文 2026-04-04 8/400 2026-04-05 21:31 by 激流勇渡
[考研] 求调剂 +7 张.1 2026-04-05 7/350 2026-04-05 20:40 by 啵啵啵0119
[考研] 复试调剂 +8 春日来信- 2026-04-03 8/400 2026-04-05 18:58 by 蓝云思雨
[考研] 材料专硕322分 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-02 11/550 2026-04-04 23:37 by 永字号
[考研] 321求调剂 +6 认真求上学 2026-04-03 6/300 2026-04-04 19:51 by dongzh2009
[考研] 一志愿华南师范361分，化学求调剂 +7 Nicole88888 2026-04-01 7/350 2026-04-04 18:28 by macy2011
[考研] 293分求调剂，外语为俄语 +6 加一一九 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:57 by 聪明的大松鼠
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 265求调剂 +17 林深温澜 2026-04-01 20/1000 2026-04-04 01:09 by userper
[考研] 求调剂，一志愿北京中医药大学 +3 小小达不溜 2026-04-02 3/150 2026-04-03 22:55 by 冲矢昴星团
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:06 by arrow8852
[考研] 279求调剂 +6 qazplm0852 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:03 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 09:48 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿a区211，085601-307分求调剂 +13 党嘉豪 2026-03-31 26/1300 2026-04-03 08:33 by 495374996
[考研] 362求调剂 +14 西南交材料专硕3 2026-03-31 14/700 2026-04-02 17:50 by yunlongyang
[考研] 0710生物学求调剂 +9 manman511 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:00 by zxl830724
[考研] 08生物与医药专硕初试346找调剂 +6 dianeeee 2026-04-01 7/350 2026-04-02 08:23 by guoweigw
[考研] 一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂 +8 披星河 2026-03-30 8/400 2026-03-31 08:53 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭