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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » DGGE序列建系统发育树原序列和比对序列分离
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echo1234

金虫 (小有名气)

[求助] DGGE序列建系统发育树原序列和比对序列分离 已有5人参与

请问一下我用DGGE测序序列用MEGA建立系统发育树的时候，在NCBI上比对的序列和原序列是完全分离的，变成了两个大的分支，即NCBI上的序列一起，原序列一起，比对的相似率基本在93%以上，不知道为什么会出现这个原因，以前做克隆文库的时候从来没有出现过这种情况。谢谢！

[ Last edited by silicare on 2014-2-17 at 11:58 ]
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1楼 2014-02-13 06:37:39
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echo1234

金虫 (小有名气)
2楼2014-02-14 08:04:03
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cx13033236

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-02-15 17:00:48
echo1234: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-02-25 22:59:26
用DGGE法进行菌株鉴定只是利用了DNA保守区的一部分片段扩增，通常在100-250bp长度，由于片段长度过小，不能够准确判断序列本身的信息，而克隆文库就比DGGE要精确的多。
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3楼2014-02-15 09:13:06
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2014神虫浮云

铁虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 屏蔽内容 2014-02-15 16:55:55
本帖内容被屏蔽
4楼2014-02-15 14:29:41
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echo1234

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cx13033236 at 2014-02-15 09:13:06
用DGGE法进行菌株鉴定只是利用了DNA保守区的一部分片段扩增，通常在100-250bp长度，由于片段长度过小，不能够准确判断序列本身的信息，而克隆文库就比DGGE要精确的多。

谢谢，但是建立系统发育树的时候不应该出现原序列和比对序列完全分离的状况吧。很奇怪。
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5楼2014-02-16 00:25:44
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cx13033236

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by echo1234 at 2014-02-16 00:25:44
谢谢，但是建立系统发育树的时候不应该出现原序列和比对序列完全分离的状况吧。很奇怪。...

你所说的问题是由于在NCBI上选择的对比序列相似度过低，从而导致了建树的分支，你可以找找相似度更高的序列建树
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6楼2014-02-17 09:52:01
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forrestgump

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
echo1234: 金币+5, ★★★很有帮助, 发现是序列没有反过来，谢谢 2014-02-25 23:00:15
这个可能是由于你的分类不够全所致，当物种丰富后可能会聚到一起。
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7楼2014-02-17 12:27:46
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-02-19 17:30:40
echo1234: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-02-25 23:02:01
你要确定NCBI下载下来的序列方向与你测序得到序列的方向一致，都是5-3端方向或者3-5方向。
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8楼2014-02-19 16:29:45
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lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
echo1234: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-02-25 23:02:15
你要看比对的结果是否是plus/plus，若是plus/minus 则需要将你的序列反向再来比对。希望对你有帮助
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新手入门求各位大神指导
9楼2014-02-21 14:18:31
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