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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 用BALST比对相似高的序列建树，为什么不在同一分支呢
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cya_yanan

银虫 (小有名气)

[求助] 用BALST比对相似高的序列建树，为什么不在同一分支呢

如题，测序得到几个序列，BLAST后得到几个相似性很高的序列，可是建树的时候他们不在一个分支啊，怎么回事啊 ，新人啊
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1楼 2013-05-11 19:32:20
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llvi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 鼓励老虫发帖交流 2013-05-12 09:37:11
可能是你把序列弄反了，把反向的序列调整过来就好了。
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2楼2013-05-12 09:06:36
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的outgroup以及其他分支的序列选择了什么？
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3楼2013-05-12 09:36:31
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cya_yanan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by llvi at 2013-05-12 09:06:36
可能是你把序列弄反了，把反向的序列调整过来就好了。

调整过来 还是那样，呵呵 谢谢啊，好久没来了
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4楼2013-05-27 16:01:08
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cya_yanan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-12 09:36:31
你的outgroup以及其他分支的序列选择了什么？

你好，不好意思，，，我也不知道怎么回事啊，，，即使用blast检索相似性高的序列一起建树 也是不在一分支 ，我的序列跟外群似的，用的MEGA5.0； 后来用RPD在线建树 没有这个问题了就；还有感觉RDP在线分类比较Genbank 好一点吧，
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5楼2013-05-27 16:06:09
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

序列相似度太高的话，是有可能发生这种情况。你可以考虑做个SH test，看2个不同的树结构之间有没有差异。
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6楼2013-05-28 07:39:36
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半亩枫雨

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cya_yanan at 2013-05-27 16:06:09
你好，不好意思，，，我也不知道怎么回事啊，，，即使用blast检索相似性高的序列一起建树 也是不在一分支 ，我的序列跟外群似的，用的MEGA5.0； 后来用RPD在线建树 没有这个问题了就；还有感觉RDP在线分类比较Genb ...

麻烦问一下，RPD是指什么？网页吗，能给个网址吗？
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7楼2013-11-08 15:44:13
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

建树之前是需要做其他的模型检验的，建树的根本是序列在进化过程中的变化，假如在一个漫长的进化过程中（可能是数百万年乃至上亿年），某一个位点的碱基由A变成G,然后再有G突变成A，而另外一个物种的的该位点始终是A，表面上着两个序列式一样的，那么他们的进化是不一样的，在建数的时候不是仅仅比较序列相似性，点一点软件这么简单，这样子建的树，可信度往往很低，建树要对序列位点选择压力验证，某些位点是正向突变，反向突变还是中性突变。此外，要进行饱和性检验，已经达到位点饱和的序列是不适合用来建进化树的，所有不是所有的序列都能拿来搞进化的。
希望可以帮到你~~
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总有一天我要修改用户名。
8楼2013-11-08 18:55:56
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

序列选取过少导致的树形不稳定？你确定选取的序列拾有效序列么？

[ 发自小木虫客户端 ]
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9楼2013-11-09 12:26:28
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