应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 用BALST比对相似高的序列建树，为什么不在同一分支呢
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 1955  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

cya_yanan

银虫 (小有名气)

[求助] 用BALST比对相似高的序列建树，为什么不在同一分支呢

如题，测序得到几个序列，BLAST后得到几个相似性很高的序列，可是建树的时候他们不在一个分支啊，怎么回事啊 ，新人啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-11 19:32:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

llvi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 鼓励老虫发帖交流 2013-05-12 09:37:11
可能是你把序列弄反了，把反向的序列调整过来就好了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-05-12 09:06:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的outgroup以及其他分支的序列选择了什么？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-05-12 09:36:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cya_yanan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by llvi at 2013-05-12 09:06:36
可能是你把序列弄反了，把反向的序列调整过来就好了。

调整过来 还是那样，呵呵 谢谢啊，好久没来了
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-27 16:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cya_yanan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-12 09:36:31
你的outgroup以及其他分支的序列选择了什么？

你好，不好意思，，，我也不知道怎么回事啊，，，即使用blast检索相似性高的序列一起建树 也是不在一分支 ，我的序列跟外群似的，用的MEGA5.0； 后来用RPD在线建树 没有这个问题了就；还有感觉RDP在线分类比较Genbank 好一点吧，
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-27 16:06:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

序列相似度太高的话，是有可能发生这种情况。你可以考虑做个SH test，看2个不同的树结构之间有没有差异。
赞一下 回复此楼
6楼2013-05-28 07:39:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半亩枫雨

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cya_yanan at 2013-05-27 16:06:09
你好，不好意思，，，我也不知道怎么回事啊，，，即使用blast检索相似性高的序列一起建树 也是不在一分支 ，我的序列跟外群似的，用的MEGA5.0； 后来用RPD在线建树 没有这个问题了就；还有感觉RDP在线分类比较Genb ...

麻烦问一下，RPD是指什么？网页吗，能给个网址吗？
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-08 15:44:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

建树之前是需要做其他的模型检验的，建树的根本是序列在进化过程中的变化，假如在一个漫长的进化过程中（可能是数百万年乃至上亿年），某一个位点的碱基由A变成G,然后再有G突变成A，而另外一个物种的的该位点始终是A，表面上着两个序列式一样的，那么他们的进化是不一样的，在建数的时候不是仅仅比较序列相似性，点一点软件这么简单，这样子建的树，可信度往往很低，建树要对序列位点选择压力验证，某些位点是正向突变，反向突变还是中性突变。此外，要进行饱和性检验，已经达到位点饱和的序列是不适合用来建进化树的，所有不是所有的序列都能拿来搞进化的。
希望可以帮到你~~
赞一下 回复此楼
总有一天我要修改用户名。
8楼2013-11-08 18:55:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

序列选取过少导致的树形不稳定？你确定选取的序列拾有效序列么？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
9楼2013-11-09 12:26:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cya_yanan 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学调剂 +4 爱吃番茄的旭 2026-03-24 5/250 2026-03-27 17:50 by kiokin
[考研] 求调剂 +6 张zz111 2026-03-27 7/350 2026-03-27 17:23 by 左的岸
[考研] 352分 化工与材料 +3 海纳百川Ly 2026-03-27 3/150 2026-03-27 17:18 by 杨杨杨紫
[考研] 085602 307分 求调剂 +3 不知道叫什么！ 2026-03-26 3/150 2026-03-27 16:50 by laoshidan
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[考研] 299求调剂 +6 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 6/300 2026-03-27 12:43 by 果果妈咪
[考研] 333求调剂 +7 87639 2026-03-21 12/600 2026-03-26 22:08 by 不吃魚的貓
[考研] 324求调剂 +4 wysyjs25 2026-03-21 4/200 2026-03-26 20:38 by fmesaito
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +4 YYYYYNNNNN 2026-03-26 4/200 2026-03-26 19:00 by macy2011
[考研] 22 350 本科985求调剂，求老登收留 +4 李轶男003 2026-03-20 4/200 2026-03-26 16:05 by 哇啦啦啦xtj
[考研] 0856求调剂 +8 zhn03 2026-03-25 9/450 2026-03-26 13:42 by zzll406
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 0703化学调剂，求导师收 +7 天天好运来上岸� 2026-03-24 7/350 2026-03-24 20:26 by peike
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 环境学硕288求调剂 +8 皮皮皮123456 2026-03-22 8/400 2026-03-23 23:47 by 热情沙漠
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭