2楼: Originally posted by xwkhj at 2013-07-13 15:38:06
楼主的应该是18S 序列，前段序列还可以，后端的从317bp 之后就匹配不上了，没有显示出与那些可培养的真菌有较高的相似度，应该是现在还没有培养出来的真菌，而且还有不是主流的双核真菌，极有可能是壶菌门的真菌，如 ...

3楼: Originally posted by mingcui1003 at 2013-07-13 21:27:05
谢谢，序列是18S的，是不是直接在NCBI上进行一下nucleotide Blast就可以了啊，我也输进去看了一下，最高的为96%的相似性，描述说是不能培养的真菌，不知道是不是看这个？另外还请问一下要有多少个碱基相似才能说明 ...

4楼: Originally posted by xwkhj at 2013-07-13 21:53:16
是的啊，这个主要是看序列的相似度，不是说具体有多少个碱基，一般定义到种的话都是选在97%以上的，你这个很有可能是新种，是的，比对的结果却是就是不可培养的真菌，另外如果你有400多个碱基，你用400乘以97%就可 ...

5楼: Originally posted by mingcui1003 at 2013-07-13 22:12:39
谢谢指教，刚刚做这方面的实验，不怎么懂，又没人指导，就自己慢慢摸索，那我这个的匹配结果是不是这种微生物还没有命名，只有一个序列号，就可能是新种？我的样品是取自水生植物的沙土，后面还处理了很多不同的样 ...

7楼: Originally posted by mingcui1003 at 2013-07-14 15:11:38
我是从混合样品里面提取的，测序时只做了单向测序，报告说不能保证100%的准确，这可能和测序时的误差也有关，要不到时做一下双向测序。

6楼: Originally posted by xwkhj at 2013-07-14 10:37:24
这只是我基于你现在的ITS序列的测序结果来分析的，我们一般定义种的差异就在97%一下，你这个和所有的真菌种类都没有高于97的序列相似度，你是分出来的菌株提的DNA吗，你可以再测几个试试！...