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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请求帮匹配一下DGGE条带测序后的序列是属于什么类型的真菌
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mingcui1003

新虫 (初入文坛)

[求助] 请求帮匹配一下DGGE条带测序后的序列是属于什么类型的真菌

各位大侠，能不能请求帮我匹配一下以下的碱基序列属于哪类真菌？序列的测序结果是390bp左右的真菌PCR产物，通过DGGE割胶后的测序结果，由于还来不及学习这方面的知识，有谁能先帮我处理一下，看看能不能匹配出来是属于什么类型的真菌？以决定我后面的实验计划，将不胜感激！
测序序列：
AGGGTTAAGAGGCAGGGACGTAATCAACGCGAGCTGATGACTCGCGCTTACTAGGAATTCCTCGTTCATGACCAATAATTGCAATGGTCAATCCCCATCACGATAAAGTTTCAAAAGATTGCCCAGACCTTCCGGTCAAGGTGAATACTCGCTGACTTTATCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAAAACATCTAAGGGCATCACAAACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCATCTATTAAACATAGATAGTCCCTCTAAGAAGACGACGCCCACCAAAGTGAACGCTTCTAGTTAGCAGGTTAAGGTCTCTTCGTTATCGAAAGAGAATCCTAAAACCCCTGTGGCCTACTCGAGTCTCCTGGATGAGAGTATAAGGGTGAATTGATGACATTATATC
测序报告上说，前面的50个碱基由于受到荧光信号的干扰，可能不准确。
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1楼 2013-07-12 17:39:24
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xwkhj

木虫 (小有名气)
★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-13 15:50:36
楼主的应该是18S 序列，前段序列还可以，后端的从317bp 之后就匹配不上了，没有显示出与那些可培养的真菌有较高的相似度，应该是现在还没有培养出来的真菌，而且还有不是主流的双核真菌，极有可能是壶菌门的真菌，如果楼主是通过可培养方法得到的话，挺不错的一个结果！
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妈的，郁闷，帮别人应助文献，结果胶回收跑过了，天不佑我！
2楼2013-07-13 15:38:06
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mingcui1003

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xwkhj at 2013-07-13 15:38:06
楼主的应该是18S 序列，前段序列还可以，后端的从317bp 之后就匹配不上了，没有显示出与那些可培养的真菌有较高的相似度，应该是现在还没有培养出来的真菌，而且还有不是主流的双核真菌，极有可能是壶菌门的真菌，如 ...

谢谢，序列是18S的，是不是直接在NCBI上进行一下nucleotide Blast就可以了啊，我也输进去看了一下，最高的为96%的相似性，描述说是不能培养的真菌，不知道是不是看这个？另外还请问一下要有多少个碱基相似才能说明就是这种菌？
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3楼2013-07-13 21:27:05
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xwkhj

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-14 11:05:39
mingcui1003: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢你的帮助！ 2013-08-16 15:15:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by mingcui1003 at 2013-07-13 21:27:05
谢谢，序列是18S的，是不是直接在NCBI上进行一下nucleotide Blast就可以了啊，我也输进去看了一下，最高的为96%的相似性，描述说是不能培养的真菌，不知道是不是看这个？另外还请问一下要有多少个碱基相似才能说明 ...

是的啊，这个主要是看序列的相似度，不是说具体有多少个碱基，一般定义到种的话都是选在97%以上的，你这个很有可能是新种，是的，比对的结果却是就是不可培养的真菌，另外如果你有400多个碱基，你用400乘以97%就可以了啊
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妈的，郁闷，帮别人应助文献，结果胶回收跑过了，天不佑我！
4楼2013-07-13 21:53:16
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mingcui1003

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xwkhj at 2013-07-13 21:53:16
是的啊，这个主要是看序列的相似度，不是说具体有多少个碱基，一般定义到种的话都是选在97%以上的，你这个很有可能是新种，是的，比对的结果却是就是不可培养的真菌，另外如果你有400多个碱基，你用400乘以97%就可 ...

谢谢指教，刚刚做这方面的实验，不怎么懂，又没人指导，就自己慢慢摸索，那我这个的匹配结果是不是这种微生物还没有命名，只有一个序列号，就可能是新种？我的样品是取自水生植物的沙土，后面还处理了很多不同的样品，根据这个结果其它样品还能不能拿去测序？
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5楼2013-07-13 22:12:39
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xwkhj

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-14 11:05:51
引用回帖:
5楼: Originally posted by mingcui1003 at 2013-07-13 22:12:39
谢谢指教，刚刚做这方面的实验，不怎么懂，又没人指导，就自己慢慢摸索，那我这个的匹配结果是不是这种微生物还没有命名，只有一个序列号，就可能是新种？我的样品是取自水生植物的沙土，后面还处理了很多不同的样 ...

这只是我基于你现在的ITS序列的测序结果来分析的，我们一般定义种的差异就在97%一下，你这个和所有的真菌种类都没有高于97的序列相似度，你是分出来的菌株提的DNA吗，你可以再测几个试试！
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妈的，郁闷，帮别人应助文献，结果胶回收跑过了，天不佑我！
6楼2013-07-14 10:37:24
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mingcui1003

新虫 (初入文坛)
我是从混合样品里面提取的，测序时只做了单向测序，报告说不能保证100%的准确，这可能和测序时的误差也有关，要不到时做一下双向测序。
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7楼2013-07-14 15:11:38
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xwkhj

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mingcui1003 at 2013-07-14 15:11:38
我是从混合样品里面提取的，测序时只做了单向测序，报告说不能保证100%的准确，这可能和测序时的误差也有关，要不到时做一下双向测序。

你又不是自己分出来的菌株，测一个方向也就差不多了，我觉得，没必要浪费，不过你刚开始做，而且如果你老板很富裕，你就可以便宜点！
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妈的，郁闷，帮别人应助文献，结果胶回收跑过了，天不佑我！
8楼2013-07-14 15:46:08
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liqingabcd

铜虫 (小有名气)
单向测序就足够了？你的引物是哪段，知道了你的引物，因为引物里面的GC含量很影响这样的测序的，再进行blast就比较准确了。
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9楼2013-08-26 13:34:10
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xwkhj at 2013-07-14 10:37:24
这只是我基于你现在的ITS序列的测序结果来分析的，我们一般定义种的差异就在97%一下，你这个和所有的真菌种类都没有高于97的序列相似度，你是分出来的菌株提的DNA吗，你可以再测几个试试！...

请问，做dgge，还有测序，真菌用什么引物比较好呢？具体哪对呢？
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期望与虫虫们交流学术问题
10楼2014-09-25 18:35:31
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