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lf6220

至尊木虫 (著名写手)

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[求助] 如何回复Genbank序列里含有终止密码子和读码框移位已有1人参与

最近在Genbank上传可以表达蛋白的基因序列获取登录号时，Genbank回信说，序列里含有终止密码子和读码框移位，让给出解释。我的序列是：
ATGGATTCAGTCAATATCGAGACCCCCGCAGCCACTCAGGCCGAAGCGCTCGCAGCATTCGATCAGCAGGCAGCAGGGCA
GTACTTGCGCGGTCAGTGGATTGCGGAGGAGCACCTGATGCGGGCCATTGGCGGGCCTCGCCCCGCAGGCATCCCTTACC
GGTGGGCATGGGACGATGTCGAGAAGGCCCTCGCTGAGGCGACCATTGCACTCGGGCCCGTCGACACGGCGAGGCGGCAC
CTCACCTTCGTCAACCCTGGTCTCCTCGATCGCGGAAGCGCCACCACGCACACCATCTCTGCCGGCTTCCAGCTCGTGAA
GCCGGGCGAAGTATGCTGGTCGCATCGACACACCATGGGCGCTGTGCGATTCATCACGAAGGGAGATCCGGAGGCTTTCA
CGACCGTCGACGGCGAGCGTCTGCCCATGGAAGATTTCGATCTTCTGATCACCCCGCGATTCTCGTGGCACGACCACCAC
AACCCGAGCGACTCCGACGTTGTCTGGCTCGACGGCCTCGACATAGGCCTTCTCTTCGCCCTCGGTGCAGTCTACTACGA
GCCCTACGGCGACGACAGCCAGAACGTGCGCCCTTCGAGCAGCGAAGGCATCGGAACCCGCAGCCACTGGCTGCGTCCAA
CGTGGGAACGCGGTCGCGAGAGCAGACTGCCCGTGCGCTATCCCTGGAGCGAAGTCAAAGCGCGCCTCAATCTCTACGAC
CTCGACGCGGGCAACCCTTACGACGGGCTGGCGCTGCGATACGCCAATCCGGTGACTGGTGGCCCGACGATGGCCACCAT
GGACTGCTGGGTGCAACGCCTCGCCCCAGGGTTCGATGGCAAGGCCCACCGCCGTTCATCCAGCGCGGTCACTTACGTTA
TCTCTGGCTCCGGCTCGTTCGTCACCGATGACGAGACGATCAGCTTCGTGCCCGGCGACGTCATCGCGCTTCCGAACTGG
ACTAACTTTCGATGGGTGAATGCCTCCCCGACTGAGTCGGTACAGCTCTTCTCGATGCACGACATTCCTGCACTGCAGGC
TTTTGGCCTGCTCTACGAAGAACCGGAATCGATTCTCAACGCGACACCCGCGCCCGTGAACCCTACTCCGCCACTCAAGC
CAATCTACCGGGCTGGCGCCTTCTACGATCAGGATGAACTATGA

利用ORFfinder分析后这是其中的一个最大的开放阅读框，经blastX分析，有超过十几个相似度高达99%的蛋白氨基酸序列存在，说明是可以表达蛋白的，但是其中也有几个读码框移位（含终止密码子）。我也对照了Genbank里的登录号为YP_004243241.1的1-羟基-2-萘甲酸双加氧酶的序列，也发现它的里面也含有读码框移位（含终止密码子）。
现在不知道如何回答Genbank的疑问？genbank的原话为：We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLASTsimilarity search results and/or an alignment). This generally indicates problems such as: - errors in the nucleotide sequence - sequences have not been trimmed of low quality - problems with feature annotation which may be due to:translation in the wrong reading frame or on the wrong strandtranslation does not have the correct exon spanstranslation includes noncoding sequence, such as introns or UTR's

请有经验的大侠给解答一下，谢谢！

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