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lf6220至尊木虫 (著名写手)
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如何回复Genbank序列里含有终止密码子和读码框移位已有1人参与
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最近在Genbank上传可以表达蛋白的基因序列获取登录号时，Genbank回信说，序列里含有终止密码子和读码框移位，让给出解释。我的序列是： ATGGATTCAGTCAATATCGAGACCCCCGCAGCCACTCAGGCCGAAGCGCTCGCAGCATTCGATCAGCAGGCAGCAGGGCA GTACTTGCGCGGTCAGTGGATTGCGGAGGAGCACCTGATGCGGGCCATTGGCGGGCCTCGCCCCGCAGGCATCCCTTACC GGTGGGCATGGGACGATGTCGAGAAGGCCCTCGCTGAGGCGACCATTGCACTCGGGCCCGTCGACACGGCGAGGCGGCAC CTCACCTTCGTCAACCCTGGTCTCCTCGATCGCGGAAGCGCCACCACGCACACCATCTCTGCCGGCTTCCAGCTCGTGAA GCCGGGCGAAGTATGCTGGTCGCATCGACACACCATGGGCGCTGTGCGATTCATCACGAAGGGAGATCCGGAGGCTTTCA CGACCGTCGACGGCGAGCGTCTGCCCATGGAAGATTTCGATCTTCTGATCACCCCGCGATTCTCGTGGCACGACCACCAC AACCCGAGCGACTCCGACGTTGTCTGGCTCGACGGCCTCGACATAGGCCTTCTCTTCGCCCTCGGTGCAGTCTACTACGA GCCCTACGGCGACGACAGCCAGAACGTGCGCCCTTCGAGCAGCGAAGGCATCGGAACCCGCAGCCACTGGCTGCGTCCAA CGTGGGAACGCGGTCGCGAGAGCAGACTGCCCGTGCGCTATCCCTGGAGCGAAGTCAAAGCGCGCCTCAATCTCTACGAC CTCGACGCGGGCAACCCTTACGACGGGCTGGCGCTGCGATACGCCAATCCGGTGACTGGTGGCCCGACGATGGCCACCAT GGACTGCTGGGTGCAACGCCTCGCCCCAGGGTTCGATGGCAAGGCCCACCGCCGTTCATCCAGCGCGGTCACTTACGTTA TCTCTGGCTCCGGCTCGTTCGTCACCGATGACGAGACGATCAGCTTCGTGCCCGGCGACGTCATCGCGCTTCCGAACTGG ACTAACTTTCGATGGGTGAATGCCTCCCCGACTGAGTCGGTACAGCTCTTCTCGATGCACGACATTCCTGCACTGCAGGC TTTTGGCCTGCTCTACGAAGAACCGGAATCGATTCTCAACGCGACACCCGCGCCCGTGAACCCTACTCCGCCACTCAAGC CAATCTACCGGGCTGGCGCCTTCTACGATCAGGATGAACTATGA 利用ORFfinder分析后这是其中的一个最大的开放阅读框，经blastX分析，有超过十几个相似度高达99%的蛋白氨基酸序列存在，说明是可以表达蛋白的，但是其中也有几个读码框移位（含终止密码子）。我也对照了Genbank里的登录号为YP_004243241.1的1-羟基-2-萘甲酸双加氧酶的序列，也发现它的里面也含有读码框移位（含终止密码子）。 现在不知道如何回答Genbank的疑问？genbank的原话为：We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLASTsimilarity search results and/or an alignment). This generally indicates problems such as: - errors in the nucleotide sequence - sequences have not been trimmed of low quality - problems with feature annotation which may be due to:translation in the wrong reading frame or on the wrong strandtranslation does not have the correct exon spanstranslation includes noncoding sequence, such as introns or UTR's 请有经验的大侠给解答一下，谢谢！ |
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xiuwei001
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